一、用荧光标记MVR-PCR方法研究中国汉族人群DYF155S1基因座多态性（论文文献综述）
宣金锋[1]（2019）在《Y染色体遗传标记在法医学中的应用研究》文中研究表明目的:在人类的23对染色体中,有22对为常染色体,另1对为性染色体。在不同性别中,男性性染色体组成为XY,女性为XX。Y染色体仅存在于男性细胞中,属于近端着丝粒染色体。在人类Y染色体上有五类多态性遗传标记,包括卫星DNA、小卫星DNA、微卫星DNA、InDel及SNP。而对Y染色体进行分析的意义在于Y染色体仅存在于男性个体中,且Y染色体STR稳定的由父代男性遗传给子代男性。Y染色体STR基因座呈单倍体父系伴性遗传的特性,与常染色体STR基因座相比较而言在法医学鉴定中具有其独特性。随着科技的发展进步,测序技术的进步也是日新月异。目前使用的测序技术主要有Sanger测序、焦磷酸测序以及正在迅速发展的新一代测序技术。新一代测序技术一次可对多个样本的几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,测序准确度可达99%以上,其单次测序所产生的高质量数据在平均水平下已经足以覆盖人类基因组30倍以上,为DNA分析提供了一种全新的技术手段。DYF155S1基因座是被报道的第一个Y染色体上的小卫星多态性位点,同时具有长度多态性和序列多态性,而且不同民族间存在重复序列排列差异。因此本研究拟在以下三方面做探索:1、使用新一代测序技术分析Y染色体STR及其侧翼SNP,探索新一代测序技术在Y染色体STR核心序列测定的准确程度并探讨新一代测序技术在解决混合斑检验中的作用。2、利用二次PCR及Sanger测序技术对包括中国汉族群体在内的4个群体的样品进行了研究,探讨DYF155S1位点的遗传多态性及群体间差别。3、进行群体遗传学研究,探索中国吉林省延边地区朝鲜族人群的Y-STR数据特征,为Y染色体STR位点在法庭科学中的应用提供基础数据。研究方法:本研究选取了20例无父缘关系个体样品,选取其中两例无关个体样品混合形成各组份DNA含量不同的混合斑样品,两组确定父子关系的4个样品。使用ABI Y Filer Plus试剂盒对所有样品进行Y染色体STR分型。针对Y染色体各STR位点上下游各1.5Kb范围设计序列特异性引物,扩增出包含各Y染色体STR核心序列在内的DNA片段。在携有两端接头的转座酶作用下,对扩增出的DNA片段随机片段化,同时于片段末端连接接头。修复转座连接处,然后进行PCR反应,对文库进行富集,并加上测序所需全长接头。用AMPure XP Beads对片段长度进行筛选,使目的片段长度范围在300-400bp。将文库混合、变性后,加入到Illumina HiSeq测序平台进行高通量并行测序,对文库两端分别进行测序（即paired-end,PE）,因此每个样本会生成reads1（R1）和reads2（R2）两个数据文件。对测序原始数据进行质量控制与质量检测,确认测序原始数据可靠性后将原始数据与参考序列进行比对获取各样品的STR及SNP数据。观察各样品的Y染色体STR位点核心序列能否准确读出,观察混合样品的STR位点能否通过数据比对获得准确的分型,能否组装出不同样本的单倍型。利用二次PCR及Sanger测序技术对中国境内的4个群体:汉族、朝鲜族、藏族、维吾尔族的共200例样品的DYF155S1位点进行调查研究,统计分析这四个民族间DYF155S1位点的遗传多态性及群体间差别。对257个中国吉林省延边地区朝鲜族男性样品的Y染色体STR数据进行统计分析。按不同区域统计相应的法医学参数包括单倍型数目、单倍型多样性,随机匹配概率、单倍群数目等。用R语言基于10个群体的单倍群频率进行主成分分析,判断不同群体间的遗传距离。结果:1、本研究建立了区域捕获技术与新一代测序技术相结合对Y染色体STR基因座测序分析的方法。探讨了新一代测序技术对STR位点重复序列及其重复次数进行研究的可行性,证明在单一重复序列STR位点新一代测序技术可以较好地对其进行测序分析,而对于重复次数较多或重复单元较多STR位点则测序结果表现不佳。研究结果表明,使用新一代测序技术对结构较复杂的STR位点如DYS385、DYS387S1位点重复序列及其重复次数进行研究存在一定局限。2、本研究结果表明,使用新一代测序技术可以对混合样品STR位点重复序列及其重复次数进行研究分析。3、本研究共发现DYF155S1位点重复序列5种,分别为1型、3型、4型、6型和7型。包括本研究在内,DYF155S1位点的重复序列已发现有9种类型。研究发现,DYF155S1位点的结构有较明显的民族差别。本研究中发现的6型重复序列仅在维吾尔族个体和藏族个体中检出,7型重复序列仅在藏族个体和朝鲜族个体中检出。4、在本研究中,50名汉族个体样本检出48种结构组合,50名维吾尔族个体样本检出48种结构组合,50名朝鲜族个体检出了49种结构组合,50名藏族个体检出了42种结构组合。合计200名个体在DYF155S1位点共检出187种结构组成,可以提示该位点的多态性非常高,是法医学亲权鉴定、个人识别的重要遗传标记。5、经过对延边地区朝鲜族257例男性个体Y染色体STR检测分析,19个STR位点中DYS385基因座的GD值最高,为0.9666,DYS391基因座的GD值最低,为0.2260。除DYS385之外的18个STR基因座中,DYS391等位基因数最少,为3个,DYS456、DYS447基因座等位基因最多,均为8个。4、将延边地区男性和YHRD数据库中北京汉族、江苏汉族、吉林汉族、云南汉族、辽宁回族、辽宁朝鲜族、辽宁满族、广西苗族、日本人群、韩国人群等共10个群体进行遗传距离分析。分析结果表明,延边地区朝鲜族与辽宁朝鲜族和韩国人群遗传距离相近,而与其他民族遗传距离较远,尤其与广西苗族遗传距离最远。结论:1、本研究使用区域捕获加序列分析的方法分析了Y染色体STR位点,确认该方法能够更高效、更准确的对Y染色体STR及其侧翼序列进行分析。2、对DYF155S1位点在中国四个民族内的多态性分布进行了调查研究,证实该位点在核心序列及排列方式分布上具有一定的民族差异,可以为个体的民族区分提供帮助。3、对中国延边地区朝鲜族群体的19个Y染色体STR位点进行了频率调查并获取了相应数据。延边地区朝鲜族与辽宁朝鲜族和韩国人群遗传距离相近,而与其他民族遗传距离较远。
高澜琳[2]（2018）在《福建汉族人群非CODIS系统STR基因座的遗传多态性研究及共有基因座等位基因一致性验证》文中研究指明研究目的研究福建汉族人群31个非CODIS系统STR基因座的遗传多态性并对共有基因座等位基因一致性进行验证。研究方法（1）应用HD plex和AGCU21+1荧光复合扩增体系对福建汉族人群228例无关个体进行31个非CODIS系统STR基因座检测,采用Chelex法提取DNA、复合扩增、毛细管电泳、片段分析等技术。通过Modified-powerstates软件统计31个非CODIS系统STR基因座的等位基因（A）、等位基因频率（F）、杂合度（H）、个体识别力（DP）、多态性信息含量（PIC）、非父排除率（PE）等遗传学参数。（2）在上述228例中随机选取21例DNA样本,分别采用HD plex和AGCU21+1体系进行STR基因座检测,对共有STR基因座D5S2500和D6S474的等位基因分型结果进行比较;并合成两个共有STR基因座的单基因座引物,通过基因测序技术检测等位基因的DNA序列,对共有STR基因座的等位基因一致性进行验证。研究结果（1）在HD plex和AGCU21+1两套检测体系中,D5S2500和D6S474基因座为共有STR基因座。HD plex体系的D5S2500基因座检出8个等位基因,F介于0.00660.3289、H为0.770、DP为0.911、PIC为0.740、PE为0.545;D6S474基因座检出5个等位基因,F介于0.09870.386、H为0.680、DP为0.856、PIC为0.650、PE为0.398。AGCU21+1体系的D5S2500基因座检出8个等位基因,F介于0.00220.4079、H为0.684、DP为0.842、PIC为0.650、PE为0.404;D6S474基因座检出5个等位基因,F介于0.09870.386、H为0.689、DP为0.834、PIC为0.670、PE为0.411。其余29个STR基因座共检出276个等位基因,F介于0.00220.6031,DP介于0.7330.983、PIC介于0.5200.940、PE介于0.2970.857、HE介于0.60500.930;31个STR基因座的等位基因频率（F）进行Hardy-Weinberg平衡检验,除了D10S128、D22S1045、D2S1776、D3S4529、D2S441、D10S1435、D19S433、D3S1744、D8S1132、D4S2366等10个STR基因座外,其余21个STR基因座的等位基因频率（F）均符合Hardy-Weinberg平衡。以上10个不符合Hardy-Weinberg平衡的STR基因座,经Bonferroni’s校正后P>0.05,其等位基因频率（F）均符合Hardy-Weinberg平衡。（2）应用以上两套体系检测21例福建汉族人群中D6S474和D5S2500基因座的等位基因,经过等位基因分型结果的比较,两套体系中D6S474和D5S2500基因座的等位基因分型结果均不一致;两个STR基因座经过测序所得的等位基因分型结果与HD plex体系的等位基因分型结果一致。研究结论（1）31个非CODIS系统STR基因座在福建汉族人群中具有较高的遗传多态性,能够作为良好的分子遗传标记应用于群体遗传学、法医学亲权鉴定和个体识别等领域。31个非CODIS系统STR基因座的等位基因分布及基因频率等遗传学参数丰富了福建汉族人群的遗传资源,为选择适合福建汉族人群乃至中国汉族人群的STR基因座提供可靠的数据支持。以SE33基因座为代表的具有高度多态性的非CODIS系统STR基因座能够作为疑难亲权鉴定案件的有力补充,提高STR基因座检测体系的系统效能,而D1S1627及D1GATA113基因座的基因多态性较低,应用价值有限。（2）在研发不同STR基因座扩增体系时,相同的STR基因座在引物设计方面应尽量选择相同来源的引物序列,并采用相同的引物设计方案,从而保证STR基因座分型结果的一致。实验室具备多套STR基因座复合扩增体系时,对不同STR基因座扩增体系中共有STR基因座必须进行验证以保证分型结果一致,避免因为共有STR基因座分型结果不一致导致法医亲权鉴定和个体识别的错误判断。
陈婷[3]（2014）在《2个miniSTR基因座等位基因分型标准物的制备及其遗传多态性研究》文中进行了进一步梳理目的在常规法医学DNA检验中，STR遗传标记具有遗传多态性高、检测方法简单等特点，因此在法医学个人识别和亲权鉴定中被广泛使用。然而，在实际检案时常会面临各种由于物理、化学、生物等因素所导致的微量物证或腐败检材，应用STR试剂盒进行检测时，常不能得出结论，这就给案件的及时侦破带来困难。miniSTR技术是通过重新设计出靠近核心重复序列的引物，使整个扩增产物缩短到150bp左右，极大地提高了对降解检材的检出率。在将miniSTR技术应用于法医学分析时，需要一套精确的、国际标准化命名的等位基因分型标准物。本研究拟采用分子克隆技术制备miniSTR D3S4529和D12ATA632个基因座的等位基因分型标准物，同时将自制的标准物应用到中国汉族人群中，研究其群体遗传学参数，并对此方法制备的标准物应用于法庭科学实践中的价值和意义进行评价。方法筛选、分离目的基因座的所有等位基因片段，将其插入到pMD18-T Vector中，导入大肠杆菌，1.1%的琼脂糖凝胶电泳筛选阳性克隆，将阳性克隆进行扩大培养后，获得每个等位基因片段的重组质粒。用荧光标记引物PCR扩增，ABI3130XL遗传分析仪分型验证后，再经测序证实插入片段的结构及大小，对插入的等位基因片段按照国际法庭血液遗传学会标准（International Society ofForensic Haemogenetics，ISFH）进行命名。以含有正确插入片段的质粒为模板，混合各基因座等位基因重组质粒，制备出等位基因分型标准物，并用自制的miniSTR D3S4529和D12ATA63等位基因分型标准物对中国汉族人群样本进行群体遗传学分析。结果用此方法成功制备了目的基因座的等位基因分型标准物，测序证实其核心重复序列分别为（ATCT）m+（ATTT）n、（TAA）m+（CAA）n。对835名中国汉族人群的遗传多态性研究中，miniSTR D3S4529基因座检出7个等位基因，分别为12、13、14、15、16、17和18；miniSTR D12ATA63基因座检出11个等位基因，分别为11、12、13、14、15、16、17、18、19、20和21，经χ2值检验，其等位基因频率分布与Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）相吻合，2个miniSTR基因座的杂合度分别为0.752、0.723，多态信息含量分别为0.71、0.71。结论应用分子克隆技术制备等位基因分型标准物，是一种实现等位基因分型标准化的可行方法。将自制的标准物应用到中国汉族人群中，研究表明，miniSTRD3S4529和D12ATA63基因座在中国汉族人群中具有高度遗传多态性，因此可考虑在个人识别和亲权鉴定等案件中应用，miniSTR D3S4529和D12ATA63是2个适合法庭科学研究的遗传标记。
刘金杰,金鑫,王乐,赵兴春,陈婷,白雪,张建,姜伯玮,张戎,叶健,梁景青[4]（2013）在《D11S4463基因座等位基因分型标准物制备及应用》文中提出目的制备D11S4463基因座等位基因分型标准物,并调查该基因座在中国汉族人群中的遗传多态性。方法设计引物,用荧光引物PCR扩增和ABI 3130XL遗传分析仪电泳的方法,对中国汉族520份无关个体血斑样本D11S4463基因座遗传多态性进行调查,用分子克隆的方法构建其等位基因分型标准物。结果 D11S4463基因座在中国汉族人群中共检测出9个等位基因,杂合度、匹配概率、个体识别能力、多态性信息含量及非父排除概率分别为0.735、0.089、0.911、0.73、0.485。应用分子克隆的方法成功构建其等位基因分型标准物,按国际法庭血液遗传学学会推荐的原则命名。结论 D11S4463基因座具有较高的遗传多态性,应用分子克隆的方法构建其等位基因分型标准物,在法医科学实践中具有较高的应用价值。
刘金杰[5]（2013）在《D11S4463和D17S974基因座在汉族人群中遗传多态性及其等位基因分型标准物的制备》文中研究表明目的调查D11S4463基因座和D17S974基因座在中国汉族人群中的遗传多态性,并用分子克隆技术制备其等位基因分型标准物。方法用荧光PCR和ABI3130XL遗传分析仪对中国汉族600份无关个体血斑样本进行D11S4463和D17S974基因座遗传多态性调查,并用分子克隆的方法构建其等位基因分型标准物。首先在人群中分别筛选出D11S4463基因座的9个等位基因和D17S974基因座的8个等位基因,经PCR扩增,并将纯化后的扩增产物与pMD18-T质粒载体连接后转化到DH5α感受态大肠杆菌中；筛选重组子及提取重组质粒,对等位基因重组质粒进行序列测定,并对等位基因进行标准命名；以等位基因重组质粒为模板制备等位基因分型标准物。结果D11S4463基因座和D17S974基因座在中国汉族人群中具有较高的遗传多态性,分别检测出9个和8个等位基因,其观察杂合度分别为0.735和0.747；匹配概率分别为0.089和0.115；个体识别能力分别为0.911和0.885；多态性信息含量分别为0.73和0.70；非父排除概率分别为0.485和0.505。应用分子克隆方法成功构建了D11S4463基因座和D17S974基因座等位基因分型标准物。结论D11S4463基因座和D17S974基因座具有较高的遗传多态性,是一个适合于法医学和群体遗传学研究的遗传标记,应用分子克隆的方法构建其等位基因分型标准物是一种实现其等位基因分型标准化的可行办法。
许淼[6]（2012）在《7个X-STR基因座在中国北方汉族人群的多态性调查研究》文中进行了进一步梳理目的：短串联重复序列（short tandom repeats, STR）是目前法医学亲子鉴定与个体识别的主流遗传标记。X染色体STR遗传标记因其独特的遗传方式和结构特征，在一些特殊的或者复杂的亲权鉴定案件中具有常染色体STR或Y染色体STR遗传标记所无可比拟的优势。但目前X-STR在法医学中的应用尚不成熟，仅有2010年推出的商品化试剂盒，即Qiagen公司生产的Investigator Argus X-12试剂盒，包括分布于X染色体4个连锁群中的12个X染色体STR基因座。然而，这些基因座在不同人群的基因频率分布存在差异，其中某些基因座在中国汉族人群的多态性程度不高，并且，该试剂盒的系统效能也有待进一步提高。因此，本研究拟筛选更多X-STR基因座，对中国北方汉族人群进行群体遗传学调查，筛选出在中国汉族人群中具有高度多态性的基因座，为研发X染色体STR分型试剂盒提供基础数据。方法：1基因座的筛选：登录NCBI网站和UCSC网站，根据筛选条件，选出符合条件的X-STR基因座作为研究对象。筛选条件：无相关法医学报道；重复单位为四核苷酸的基因座；基因座扩增产物片段分布在100-400bp之间；不同基因座引物之间特别是3’端不出现互补序列；扩增条件相近。据此，本研究选出17个X-STR基因座作为研究对象，采用PCR扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳银染的方法，对该17个X-STR基因座在中国河北汉族群体（40个无关健康个体）的遗传多态性进行初步调查，选出其中多态性较好的7个基因座，进行详细研究。2复合分型体系的构建：对筛选出的7个多态性较好的X-STR基因座，应用荧光STR分型技术构建两个复合扩增体系，对扩增体系中的引物浓度、Mg2+浓度、退火温度及循环次数进行优化。采用AB3130基因分析仪对PCR产物进行检测；使用Genemapper3.2软件分析结果；根据国际法医遗传学会（international society of forensic genetics, ISFG）推荐的命名原则对各等位基因进行命名。对每个等位基因进行测序验证，分析重复序列的结构。3群体遗传学调查：应用上述两个复合分型体系对中国北方汉族群体364名健康无关个体（男性200名、女性164名）进行群体遗传学调查，获得7个X-STR基因座的等位基因分布频率，应用χ2拟合优度检验对各基因座进行Hardy-Weinberg平衡检验，使用Arlequin software version3.1软件对各基因座等位基因频率、连锁不平衡分析进行计算。4法医学应用评估：对上述7个X-STR基因座荧光分型体系进行种属特异性及可重复性研究，并评估其在亲缘关系鉴定中的应用价值。结果:1复合分型体系的构建：对初筛的7各基因座DXS1268、GATA83F09、GGAT4B02、GATA42D03、GATA22E12、GATA130D02、DXS2498的引物进行荧光标记。其中基因座DXS1268、GATA83F09、GGAT4B02、GATA42D03、 GATA22E12上游引物5’端标记FAM荧光，基因座GATA130D02、DXS2498上游引物5’端标记HEX荧光。以此构建2个复合扩增体系，体系1中包括基因座DXS1268、GGAT4B02、GATA42D03、GATA22E12，体系2中包括基因座GATA83F09、GATA130D02、DXS2498。两个扩增体系经优化反应条件后，得到的等位基因峰图峰型尖锐、对称。2群体遗传学调查结果：对164例北方汉族无关健康女性个体的调查结果显示，DXS1268基因座检测到5个等位基因和11种基因型；GATA42D03基因座检测到6个等位基因和10种基因型；GATA22E12基因座检测到4个等位基因和10种基因型；GATA83F09基因座检测到8个等位基因和20种基因型；GGAT4B02基因座检测到4个等位基因和9种基因型；GATA133D02基因座检测到5个等位基因和12种基因型；DXS2498基因座检测到4个等位基因和6种基因型。对200例男性无关个体的调查结果显示，DXS1268基因座检测到6个等位基因；GATA42D03基因座检测到6个等位基因；GATA22E12基因座检测到4个等位基因；GATA83F09基因座检测到6个等位基因；GGAT4B02基因座检测到5个等位基因；GATA133D02基因座检测到5个等位基因；DXS2498基因座检测到3个等位基因。χ2拟合优度检验的结果显示，除基因座DXS2498外（P<0.05），其余6个基因座均符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05），因此，本实验对基因座DXS2498的研究不再涉及。χ2检验结果显示各基因座在男性与女性样本中等位基因频率分布均无显着差异（P>0.05），故将男性与女性样本的频率合并后计算遗传学参数，DXS1268、GATA42D03、GATA22E12、GATA83F09、GGAT4B02、GATA130D02的杂合度观察值（Ho）依次为：0.6118、0.4809、0.6221、0.7129、0.3160、0.6044；多态信息含量（PIC）依次为：0.5362、0.4422、0.5610、0.6654、0.2940、0.5377；女性个体识别率（PDfemale）依次为：0.7737、0.6918、0.7961、0.8701、0.5101、0.7769；男性个体识别率（PDmale）依次为：0.6118、0.4809、0.6221、0.7129、0.3160、0.6044；三联体平均排除概率（MECKishida）依次为：0.5362、0.4421、0.5610、0.6654、0.2904、0.5365；二联体平均排除概率（MECDesmarais Duo）依次为：0.3922、0.2295、0.4141、0.5237、0.1792、0.3929。根据上述结果，以PIC>0.5为标准，筛选出4个具有高度多态性的基因座：DXS1268、GATA22E12、GATA83F09、GATA130D02。3法医学应用评估：上述构建的两个复合分型体系，7个基因座在猪、鼠、羊、牛、兔等常见动物中均未发现特异性分型，具有较好的种属特异性；应用10例明确父女关系的案例进行验证评估，女儿均可稳定地获得父亲X染色体的等位基因，表明该7个基因座具有较好的遗传稳定性。结论：本研究获得了7个X-STR基因座的群体遗传学参数，从中优选出4个具有高度多态性的基因座DXS1268、GATA22E12、GATA83F09、GATA130D02，为研发X-STR试剂盒提供了基础数据。
张慧丰[7]（2010）在《山西汉族人群Y-STR基因座DYS576和DYS641遗传多态性及法医学应用》文中研究指明目的通过调查山西汉族人群Y-STR基因座DYS576和DYS641的遗传多态性,研究山西汉族男性人群中DYS576和DYS641基因多态性及群体分布情况,为法医学的个人识别、亲子鉴定提供参考数据,并探讨其法医学应用。方法随机抽取山西汉族人群中205例无关健康男性个体血样1ml,EDTA抗凝；采集同一例男性尸体的血液及几种组织,进行同一性检验；随机抽取山西汉族人群中30例无关健康女性个体血样1ml,EDTA抗凝,进行男性特异性检验；采集30例两代已确认亲子关系的家系血样,进行突变观察；收集常见的几种动物的个体组织或血液样本,进行种属检验。将上述材料提取基因组DNA,用基因座DYS576和DYS641的引物将提取的基因组DNA经PCR扩增,扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,筛出等位基因并测序,制备等位基因分型标准物Ladder;以等位基因比对Ladder进行分型,然后按照国际法医遗传学会推荐的原则命名各等位基因,最后进行数据统计分析,得出这两个基因座在山西汉族人群的多态性分布情况。结果205例山西汉族男性DYS576基因座检出7种等位基因,分别为DYS576*15,DYS576*16,DYS576*17,DYS576*18,DYS576*19,DYS576*20和DYS576*21,基因频率分别为0.0488,0.1024,0.2780,0.2439,0.2146,0.0976和0.0146,其个人识别能力（DP）和非父排出率（PE）均为0.7984；DYS641基因座检出6种等位基因,分别为DYS641*6,DYS641*7,DYS641*8,DYS641*9,DYS641*10,DYS641*11,基因频率分别为0.0927,0.4780,0.0634,0.1024,0.2098和0.0537,其个人识别能力（DP）和非父排出率（PE）均为0.7050；由这2个基因座构成的单倍型在205名山西汉族男性个体中共发现28种,基因变异度为0.9423,其个人识别能力（DP）和非父排出率（PE）均为0.9423；同一男性尸体的血液及各种组织检测结果与2个基因座分型分别一致；30例女性样本DNA未见扩增产物；30例两代家系观察未见突变；动物检测未见扩增产物。结论DYS576和DYS641基因座具有较高遗传多态性,在法医学及人类遗传学方面具有较高应用价值。
苏珊珊[8]（2010）在《四个miniSTR基因座荧光复合分型体系的构建及其法医学应用》文中研究指明目的:miniSTR技术即在设计引物时,使其结合在更靠近核心重复序列的区域,PCR扩增的产物就会比STR基因座更短一些,可提高高度降解检材的检测成功率。大量研究证实,miniSTR检测技术对于高度降解检材是很有效的一种手段。2006年美国AB公司研制开发了minifiler试剂盒,目前已被应用到实际案件的分析中。但minifiler试剂盒仅包含8个CODIS系统（DNA联合索引系统）内的STR基因座,其系统效能不足以进行个人识别及亲缘关系鉴定。因此,为了研究更多的miniSTR基因座,并为研制国产化试剂盒做准备,本实验室自2005年以来研究了Hill等[1]报道的26个非CODIS系统miniSTR基因座在中国汉族人群的群体遗传学特征,并从中筛选出12个多态性较好的基因座用于研发复合分型试剂盒,目前已经成功构建了两组共包括8个miniSTR基因座的复合分型体系。本研究在我实验室既往成果的基础上继续构建第三组miniSTR复合分型系统,包括D6S474、D20S482、D4S2408和D6S1017四个miniSTR基因座,用分子克隆的技术制备其等位基因分型标准物,调查四个基因座在中国汉族及回族人群中的遗传多态性,并探讨其法医学应用价值。方法:采用Chelex-100法提取135份中国汉族和114份中国回族无关健康个体全血基因组DNA。利用荧光复合扩增技术扩增D6S474、D20S482、D4S2408和D6S1017四个miniSTR基因座,ABI 310/3130基因分析仪对产物进行检测,Genemapper3.2软件分析结果。根据电泳结果对反应体系中的引物浓度、Mg2+浓度、DNA模板量、退火温度、循环次数等条件进行优化,以获得最佳反应条件。用构建的复合体系对所有样本的四个miniSTR基因座进行PCR复合扩增。根据所有样本的群体遗传学研究结果,应用分子克隆技术制备四个基因座的等位基因分型标准物,并按照国际法医遗传学会（international society of forensic genetics, ISFG）推荐的命名原则对各等位基因进行命名。根据构建的等位基因分型标准物及测序结果对所有样本复合扩增产物进行等位基因命名,计算各基因座等位基因频率及法医学参数。对构建的荧光标记miniSTR复合扩增体系进行灵敏度、腐败降解检材DNA检测能力的研究,并与商品化STR试剂盒进行比较。结果:本研究成功建立了荧光标记miniSTR复合扩增体系,并用分子克隆技术制备了miniSTR基因座的等位基因分型标准物。利用该分型体系进行群体遗传学研究发现:D6S474、D20S482、D4S2408和D6S1017基因座在135份中国汉族无关个体中分别检出7、8、6、6个等位基因和14、18、14、14种基因型;在114份中国回族无关个体中分别检出6、7、5、7个等位基因和15、23、13、17种基因型。基因型频率分布经χ2检验均符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。四个基因座在中国汉族人群的杂合度观察值（Ho）依次为0.748、0.711、0.748、0.659;在中国回族人群依次为0.759、0.706、0.714、0.804。在中国汉族人群的多态信息含量（PIC）依次为0.68、0.66、0.67、0.64;在中国回族人群依次为0.70、0.73、0.69、0.68。在中国汉族人群的非父排除率（PE）依次为0.507、0.446、0.507、0.368;在中国回族人群依次为0.525、0.438、0.451、0.606。在中国汉族人群的个人识别力（DP）依次为0.874、0.871、0.862、0.851;在中国回族人群依次为0.884、0.911、0.880、0.860。四个miniSTR基因座的累积非父排除率在中国汉族人群为0.914902,在中国回族人群为0.942257;累积个人识别力在中国汉族人群为0.999666,在中国回族人群为0.999827。系统灵敏度研究:本研究构建的miniSTR复合扩增系统对0.0625ng的DNA仍可进行四个基因座的正确分型。腐败降解检材研究:结果显示对降解五个月的血液检材DNA和用DNase I消化25min的DNA,应用miniSTR复合扩增系统分析在四个基因座中均得到了完整分型,显示了miniSTR技术比常规STR试剂盒对降解检材具有更高的分型成功率。结论:本研究成功建立了四个miniSTR基因座D6S474、D20S482、D4S2408和D6S1017的荧光标记复合扩增体系并应用分子克隆技术制备了四个基因座的等位基因分型标准物。将自制的等位基因分型标准物应用于中国汉族和回族人群的群体遗传学研究,发现四个基因座具有较好的遗传多态性。本实验建立的荧光标记复合扩增体系分型结果准确,灵敏度达0.0625ng,对于分析微量、降解检材的成功率较常规STR试剂盒明显提高,可用于法医学亲权鉴定与个人识别,特别适合用于高度腐败降解检材的DNA检测,可作为常规STR试剂盒的补充,提高系统效能,同时为开发国产化miniSTR试剂盒奠定了基础。
冯文艳[9]（2009）在《山西汉族人群DXS7423、DXS6799基因座遗传多态性及法医学应用可行性探讨》文中研究说明目的调查山西汉族人群中DXS7423、DXS6799基因座的等位基因频率分布、单倍型频率分布及相关遗传学参数等,为人类X染色体STR基因座群体遗传学数据库的建立提供基础数据,并对其法医学应用的可行性进行探讨。方法（1）样本采集:随机抽取250名山西汉族无关个体（男性154,女性96）静脉血进行两个基因座的多态性分析;采集30例二联体家系血进行突变观察;采集同一女性尸体的血液、肌肉、心脏、肝脏、肾脏、皮肤组织进行同一性观察。（2）方法:基因组DNA用酚-氯仿有机溶剂法提取,经PCR扩增后,用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,硝酸银染色,将各等位基因电泳谱带与等位基因Ladder进行比对分;命名根据国际法医血液学会（ISFH）DNA委员会推荐的命名原则进行。（3）数据处理:用直接计算法计算等位基因频率、基因型频率和单倍型频率;用χ2检验进行男女群体等位基因频率差异比较、女性样本Hardy-Weinberg平衡吻合度检验和不同群体等位基因频率差异比较,并计算各种相关遗传学参数。结果（1）山西汉族250名无关个体中,DXS7423基因座检出4个等位基因13～16,基因频率分布范围0.0057～0.5029;DXS6799基因座检出7个等位基因9～15,基因频率分布范围0.0058～0.4017。χ2检验结果表明男女性人群之间两个基因座的等位基因频率分布均无显着性差异（P>0.05）,因此可以合并男女数据进行总体等位基因频率的统计。DXS7423、DXS6799基因座在山西汉族96名无关女性个体中分别检出7、13种基因型,两基因座女性基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。两个基因座女性个人识别率分别为0.8020、0.8963;非父排除率分别为0.3425、0.4973;男性个人识别率分别为0.5767、0.7428;合并数据后得各基因座的多态性信息含量分别为0.6795、0.7643。在154名无关男性个体中两个基因座组成的单倍型观察到19种,单倍型多样性、个人识别率、非父排除率分别为0.8890、0.8890、0.7947。（2）个体组织同一性:同一女性尸体不同组织DNA分型结果表明,两基因座在同一个体中均具有组织同一性,符合STR基因座法医学应用标准。（3）遗传稳定性: 30例已经确定父女关系的两代家系中,父亲的X染色体均能稳定地遗传给女儿,符合孟德尔遗传规律。结论DXS7423、DXS6799基因座在山西汉族人群中均具有较高的遗传多态性和遗传稳定性,在法医学应用、人类遗传学研究等领域中具有重要价值。
郑坤,张瑾,温有锋,席焕久[10]（2007）在《人类Y-DNA多态性研究概述》文中研究表明Y-DNA为父系遗传,Y染色体特异区在减数分裂时不发生重组,这就积累较多的突变,记录了人类的进化史,因此Y-DNA的多态性,是探索人类起源、进化和迁移规律有价值的工具。本文就Y染色体DNA的双等位基因、多等位基因多态性的研究进展做一综述。
二、用荧光标记MVR-PCR方法研究中国汉族人群DYF155S1基因座多态性（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、用荧光标记MVR-PCR方法研究中国汉族人群DYF155S1基因座多态性（论文提纲范文）
（1）Y染色体遗传标记在法医学中的应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略语 |
| 第一部分 :运用NGS检测Y-STR位点的法医学意义 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样品 |
| 2.1.2 主要试剂与耗材 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.1.4 主要软件、计算机语言及网络工具 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA提取及质量检测 |
| 2.2.2 目的片段扩增及质量检测 |
| 2.2.3 文库构建及质量检测 |
| 2.2.4 序列测定及数据处理 |
| 3 结果 |
| 3.1 琼脂糖检测结果 |
| 3.1.1 目的片段扩增及质量检测结果 |
| 3.1.2 文库质量检测结果 |
| 3.2 捕获区域序列 |
| 3.3 测序结果质量分析 |
| 3.3.1 测序数据统计 |
| 3.3.2 参考基因组比对结果 |
| 3.4 STR位点测序及试剂盒分型结果 |
| 3.4.1 全基因组测序结果 |
| 3.4.2 区域捕获测序结果 |
| 3.4.3 区域捕获测序对无关个体测序结果及试剂盒分型结果 |
| 3.4.4 区域捕获测序对父子样品测序结果 |
| 3.4.5 混合样品测序结果及试剂盒分型结果 |
| 3.5 SNP位点测序结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 文库构建 |
| 4.2 STR位点测序结果分析 |
| 4.2.1 无关样品测序结果分析 |
| 4.2.2 父子样品测序结果分析 |
| 4.2.3 混合样品测序结果分析 |
| 4.3 SNP分析 |
| 5 结论 |
| 第二部分 :DYF155S1位点重复序列排列的种族与个体差异 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样品 |
| 2.1.2 主要试剂与耗材 |
| 2.1.3 主要仪器设备及分析软件 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA提取 |
| 2.2.2 PCR扩增 |
| 2.2.3 PCR产物序列测定 |
| 3 结果 |
| 3.1 样品的PCR分型 |
| 3.2 重复序列测序结果 |
| 3.3 数据统计结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第三部分 :延边朝鲜族19个Y-STR的多态性分布 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样品 |
| 2.1.2 主要试剂及材料 |
| 2.1.3 主要仪器及分析软件 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA的提取 |
| 2.2.2 模板DNA的质量控制 |
| 2.2.3 PCR扩增 |
| 2.2.4 PCR反应循环参数 |
| 2.2.5 扩增产物的检测 |
| 2.2.6 扩增产物分型 |
| 2.2.7 统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 Y染色体STR分型结果 |
| 3.2 Y染色体STR基因座的等位基因频率分布 |
| 3.2.1 19个Y染色体STR基因座的GD值 |
| 3.2.2 辽宁汉族群体与YHRD数据库中其他群体间的遗传距离 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 本研究创新性的自我评价 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（2）福建汉族人群非CODIS系统STR基因座的遗传多态性研究及共有基因座等位基因一致性验证（论文提纲范文）
| 附录 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一章 福建群体31个非CODIS系统STR基因座的遗传多态性的研究 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第二章 共有STR基因座等位基因分型结果一致性验证 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（3）2个miniSTR基因座等位基因分型标准物的制备及其遗传多态性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 1.实验材料、仪器和试剂 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 主要试剂的配制 |
| 2. 方法 |
| 2.1 分子克隆引物设计思路 |
| 2.2 目的等位基因的筛选 |
| 2.3 目的等位基因的分离 |
| 2.4 目的等位基因的回收 |
| 2.5 目的等位基因的克隆 |
| 2.6 重组质粒的验证 |
| 2.7 等位基因分型标准物的制备 |
| 2.8 统计学分析 |
| 2.9 将自制的等位基因分型标准物应用于亲子鉴定案例 |
| 结果 |
| 1. 目的等位基因的琼脂糖凝胶电泳 |
| 2. 目的等位基因与质粒载体的连接.转化 |
| 3. 菌落 PCR 验证 |
| 4. 目的等位基因的测序结果与命名 |
| 5. 2 个 miniSTR 基因座等位基因分型标准物的毛细管电泳 |
| 6. 2 个 miniSTR 基因座的群体遗传学数据 |
| 7. 2 个 miniSTR 基因座在亲子鉴定案件中的应用结果 |
| 讨论 |
| 1. miniSTR 技术的原理及对于微量降解检材的优势 |
| 2. miniSTR 基因座的选择 |
| 3. 等位基因分型标准物的概念 |
| 4. 分子克隆法制备等位基因分型标准物 |
| 5. 2 个 miniSTR 基因座在中国汉族人群中的遗传多态性 |
| 6. 2 个 miniSTR 基因座在亲子鉴定案件中的应用 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表文章情况 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（4）D11S4463基因座等位基因分型标准物制备及应用（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 荧光引物PCR扩增及其产物检测 |
| 1.2.2 重组质粒的制备 |
| 1.2.3 D11S4463基因座等位基因分型标准物制备 |
| 1.2.4 遗传多态性数据分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 D11S4463基因座遗传多态性 |
| 2.2 等位基因重组质粒构建与筛选 |
| 2.2.1 引物设计 |
| 2.2.2 PCR扩增产物琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.2.3 重组质粒筛选验证 |
| 2.2.4 重组质粒插入片段的序列分析结果 |
| 2.3 等位基因分型标准物毛细管电泳图谱 |
| 3 讨论 |
（5）D11S4463和D17S974基因座在汉族人群中遗传多态性及其等位基因分型标准物的制备（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写及含义 |
| 第一部分 中国汉族人群D11S4463和D17S974基因座遗传多态性及其法庭科学应用 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分 分子克隆技术构建D11S4463和D17S974基因座等位基因分型标准物及其法医学应用研究 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 总结 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士期间发表文章 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（6）7个X-STR基因座在中国北方汉族人群的多态性调查研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩写 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 附图 |
| 附表 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 X 染色体遗传标记的法医学应用进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（7）山西汉族人群Y-STR基因座DYS576和DYS641遗传多态性及法医学应用（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写及含义 |
| 缩写名词附表 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 第三章 结果 |
| 第四章 分析讨论 |
| 第五章 小结 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（8）四个miniSTR基因座荧光复合分型体系的构建及其法医学应用（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写 |
| 研究论文 四个 miniSTR 基因座荧光复合分型体系的构建及其法医学应用 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 附图 |
| 附表 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 降解检材 DNA 分型的研究进展 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（9）山西汉族人群DXS7423、DXS6799基因座遗传多态性及法医学应用可行性探讨（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 缩写名词附表 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 附图 |
| 附表 |
| 分析与讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（10）人类Y-DNA多态性研究概述（论文提纲范文）
| 1. 双等位基因 |
| 2. 多等位基因 |
| 2.1 小卫星DNA位点。 |
| 2.2 微卫星DNA |
| 2.2.1 Y-STRs的研究概况 |
| 2.2.2 Y-STRs的遗传学特征 |
| 3. 发展趋势及需解决的问题 |
| 3.1 发展趋势: |
| 3.2 需解决的问题 |
四、用荧光标记MVR-PCR方法研究中国汉族人群DYF155S1基因座多态性（论文参考文献）
- [1]Y染色体遗传标记在法医学中的应用研究[D]. 宣金锋. 中国医科大学, 2019(01)
- [2]福建汉族人群非CODIS系统STR基因座的遗传多态性研究及共有基因座等位基因一致性验证[D]. 高澜琳. 福建医科大学, 2018(09)
- [3]2个miniSTR基因座等位基因分型标准物的制备及其遗传多态性研究[D]. 陈婷. 山西医科大学, 2014(11)
- [4]D11S4463基因座等位基因分型标准物制备及应用[J]. 刘金杰,金鑫,王乐,赵兴春,陈婷,白雪,张建,姜伯玮,张戎,叶健,梁景青. 中国法医学杂志, 2013(06)
- [5]D11S4463和D17S974基因座在汉族人群中遗传多态性及其等位基因分型标准物的制备[D]. 刘金杰. 山西医科大学, 2013(05)
- [6]7个X-STR基因座在中国北方汉族人群的多态性调查研究[D]. 许淼. 河北医科大学, 2012(11)
- [7]山西汉族人群Y-STR基因座DYS576和DYS641遗传多态性及法医学应用[D]. 张慧丰. 山西医科大学, 2010(02)
- [8]四个miniSTR基因座荧光复合分型体系的构建及其法医学应用[D]. 苏珊珊. 河北医科大学, 2010(04)
- [9]山西汉族人群DXS7423、DXS6799基因座遗传多态性及法医学应用可行性探讨[D]. 冯文艳. 山西医科大学, 2009(03)
- [10]人类Y-DNA多态性研究概述[J]. 郑坤,张瑾,温有锋,席焕久. 中国医药指南, 2007(09)