一、结构蛋白质组学(结构基因组学):本世纪的重大科学工程（论文文献综述）
赵瑞[1]（2017）在《基于硫脲基苯甲酸的磷酸化肽富集材料的研究》文中提出在真核细胞中,蛋白质的可逆磷酸化是一种非常普遍的蛋白质翻译后修饰行为,在生物细胞各种各样的生命过程中起着十分重要的调控作用。大量证据表明,很多人体内重大疾病的发生与蛋白质磷酸化异常直接相关。因此,对于磷酸化蛋白质的研究引起了人们越来越多的重视。然而,在结合质谱分析技术对生物样品中的磷酸化蛋白质进行研究时,高丰度的未修饰蛋白质会对磷酸化蛋白的质谱信号产生很大的影响。而且,由于磷酸化蛋白质化学计量值低并且具有高度动态变化的特性等特点,使得对磷酸化蛋白质/肽的分离富集及其磷酸化位点的鉴定成为了极具挑战性的难题。近十年来,已经涌现出了多种能够从高度复杂的生物样品中捕捉痕量磷酸化蛋白/肽的选择性亲和材料,但在富集容量、灵敏度和选择性上还存着一些问题,亟需一种更为有效的富集手段来实现对磷酸化蛋白质更加深入的研究。本文就磷酸化肽分离富集这一研究热点和难点开展实验,将硫脲类受体与磷酸根阴离子之间的相互作用作为开发新型的磷酸化肽富集材料的思路和出发点,制备了3-硫脲基苯甲酸单分子层修饰的多孔硅胶材料。实验先通过傅立叶变换红外光谱、荧光滴定、核磁滴定以及QCM分析手段,考察了3-硫脲基苯甲酸与磷酸化肽之间发生相互作用的情况以及结合能力的大小。然后以硅烷偶联剂作为媒介,将3-硫脲基苯甲酸接枝到多孔二氧化硅微球孔道内制备磷酸化肽富集材料,结合质谱技术分析其对标准磷酸化蛋白酶解液中的磷酸化肽的分离富集效果。通过热重分析、XPS等表征分析手段确定成功地在多孔二氧化硅材料上修饰了3-硫脲基苯甲酸单分子层。利用质谱技术结合QCM分析结果,评估材料分离富集磷酸化肽的效果。结果表明,制备的材料对磷酸化肽的分离富集有一定的效果,且有利于富集多磷酸化肽。鉴于以上分析可知,基于硫脲类与磷酸基团之间相互作用开发的材料对于磷酸化肽的富集具有一定的效果,为将来分离富集磷酸化肽新型材料的开发提供了新的思路和借鉴。
马寿勇[2]（2012）在《序列上下文与其蛋白质二级结构的关系》文中认为本文按照蛋白质二级结构的连续性和二级结构多样性进行序列片段的提取。使用自编的一款小型软件在967条非冗余蛋白质数据库中按照氨基酸残基的极性大小对提取出的序列片段在其原蛋白质中的上下文中的氨基酸残基对目标序列的二级结构的影响概率进行逐个分析，并给出其平均影响概率。发现序列上下文中的氨基酸残基的极性对目标序列片段的蛋白质二级结构具有较为明显的影响。再将已提取出的目标序列按照极性的划分进行分类，并进行二次分析。而经过分类的目标序列，这种影响概率的表现则更为明显。本文所使用的数据均来自于蛋白质二级结构数据库（PDB），二级结构分类数据库使用SCOP数据库，二级结构定义数据库选用蛋白质二级结构定义数据库（DSSP）。经过将从网上下载得到的蛋白质数据库进行一定的格式转换，作为本文的原始数据库。并且根据原数据库的同源性从原始数据库中提取出967条非冗余数据作为本文的分析数据库。其目的是为了减少原数据库的冗余数据对本文最终数据分析造成的误差。本文所使用的分析软件是在Delphi7开发平台下自主开发的一款小型数据处理软件。本文在分析过程中发现，一个蛋白质序列片段的二级结构的形成，不仅仅依赖于自身因素的影响，其临近的氨基酸残基对其结构形成也是有一定影响的。这种影响可能使得目标序列片段的二级结构趋向于连续性的二级结构，也可能使得目标序列片段趋向于不连续的二级结构。而不论这种二级结构连续与否，其结构必定呈现出一定的多样性。本文发现这种影响的概率与跟目标序列片段临近的氨基酸残基的极性有一定的联系，当临近氨基酸的极性发生改变时，目标序列片段的二级结构就有很大的概率发生改变，其具体的二级结构和对应概率将在下文中予以说明。本文的侧重点在于为蛋白质二级结构的预测提供帮助，创新点在于将蛋白质序列片段的二级结构的形成外因作为研究的出发点，得到的结论将作为一个参考数据有助于蛋白质二级结构的预测。
高雪[3]（2011）在《基于知识图谱的蛋白质组学发展研究》文中研究说明蛋白质组学集生物技术、分析技术、信息技术和材料技术等之精华,采用大规模、高通量、高速度的技术手段,通过全局性研究基因组所表达的所有蛋白质在不同时间与空间的表达谱和功能谱,全景式地揭示生命活动的本质。蛋白质组学已成为21世纪生命科学与生物技术的重要战略前沿和主要突破口[1]。2001年4月,国际人类蛋白质组组织（HUPO）成立,并决定启动人类蛋白质组计划（HPP）,该计划是继人类基因组计划之后生命科学领域最大的国际合作计划。HUPO先期启动了人类血浆蛋白质组计划和人类肝脏蛋白质组计划（HLPP）,随后陆续启动了脑、肾脏、糖蛋白、抗体、标准化等一系列蛋白质组计划,国际科技界给予高度重视,各国政府也高度关注并给予大力支持。蛋白质组研究已成为本世纪各国争夺最激烈、最重要的战略制高点之一。1997年,“蛋白质组学”的概念被我国少数几家实验室引入国内。随后十多年间,我国蛋白质组学发展速度远远超过了生命科学领域的其它新兴学科,从最初仅国内少数几个单位参与、到逐步发展壮大、最后走向世界、并在国际上占有一席之地。2002年,我国科学家在国际上率先提出了HLPP计划,并提出了蛋白质组“两谱、两图、三库”的科学目标。通过国际多家实验室的共同努力,HLPP构建了迄今最大的人类肝脏蛋白质组数据库,成为HPP全面实施之际最为国际同行所重视的数据。随着蛋白质组学研究的不断发展,我国蛋白质组学研究的重心已从最初以建立技术平台、开展技术方法研究为主,逐步转向以高通量蛋白质组研究技术平台为基础,深入开展关系到我国人民健康的重大疾病问题和重要生命科学问题研究。目前,正值“十二五”开局之年,我们应全面分析国内外蛋白质组学研究现状和发展趋势,总结评价近十年来我国蛋白质组学研究发展状况,认真思考我国蛋白质组学在“十二五”期间需要重点部署的研究领域及需要拓展的国际合作伙伴,为我国蛋白质组学未来发展提供科学的对策和建议。文献计量方法是借助文献研究的各种特征的数量,采用数学与统计学方法来描述、评价和预测科学技术的现状和发展趋势的方法。科学知识图谱是将信息可视化技术、应用数学、图形学、计算机科学等与科学计量学结合起来的交叉科学研究方法。近几年,国内对科学知识图谱方法的引入和运用刚刚起步,基于知识图谱的蛋白质组学发展研究尚未见文献报道。本研究以美国Web of Science数据库所收录的蛋白质组学文献为研究对象,借助文献计量和科学知识图谱方法,并结合文献调研和专家咨询,系统、科学地分析蛋白质组学前沿进展和演化发展态势,了解蛋白质组学及肝脏蛋白质组学研究主体和研究基础,并揭示蛋白质组学国际合作网络的结构特征。经过定性和定量相结合分析总结蛋白质组学发展趋势,研究重点已从定性分析向定量描述转变,蛋白质分离鉴定技术由单一模式向多维模式转变,蛋白质组分析由静态描述向动态研究转变,从数据积累向知识挖掘转变,从实验室研究到临床应用拓展,带动了大量相关学科领域的快速发展,为生命科学研究、生物技术应用和人类疾病防治带来新的革命。从蛋白质组学研究力量分布来看,蛋白质组学涉及学科领域广泛,重点涉及生物学及医药科学,并向与国民经济密切相关的农学、环境科学、化工等其它相关领域扩展。蛋白质组学国际核心期刊主要是《Proteomics》,《Journal of Proteome Research》,《Molecular & Cellular Proteomics》等。从作者地域分布来看,美国作者在国际蛋白质组学舞台上最为活跃的,位居第二、第三和第四的是德国、英国和中国。近三年我国蛋白质组学研究发展迅速,在发文数量上超过德国和英国,已跃居第二。但我国与欧美国家在文献平均被引频次尚有较大差距,在研究学术水平和影响力方面尚需提升。从高被引文献来看,多与蛋白质组学新技术和新方法密切相关,新技术和新方法的突破会大力推动蛋白质组学领域及相关交叉学科发展,并带来历史性飞跃。从蛋白质组学国际合作网络来看,合作最为密切、中心性最高的国家是瑞士、澳大利亚、美国、瑞典、丹麦等,中国蛋白质组学国际合作程度与上述国家相比,尚需进一步加强,特别是与合作网络核心国家开展实质性合作。经知识图谱分析,肝脏蛋白质组学研究主体主要是美国、中国、德国等,研究机构是复旦大学、中国科学院、北京放射医学研究所等,代表性科学家为杨芃原、贺福初、张祥民等。虽然中国在发文数量上稍逊于美国,中国的研究机构和代表性科学家已在该领域处于国际领先地位。肝脏蛋白质组学研究基础主要源自蛋白质组学关键技术、方法和软件等研究,重点是基于蛋白质组学技术方法在肝脏生理病理学研究的广泛应用。参考上述结论,建议我国在“十二五”重点开展定量蛋白质组、蛋白质翻译后修饰和蛋白质相互作用研究,重点发展具有自主知识产权的蛋白质组新技术新方法,并将蛋白质组学实验室研究向临床应用转化,积极推进蛋白质组集成技术和产品在农业、环保、能源等领域的推广与应用。全面实施人类肝脏蛋白质组计划,部署我国具备前期研究基础的其它蛋白质组计划,加强与国际顶尖蛋白质组学团队的实质性合作,巩固和提升我国在国际蛋白质组学的优势和地位。本研究为及时追踪蛋白质组学国际前沿进展,找准研究切入点,熟悉蛋白质组学学科结构与国际合作网络提供了科学的量化依据和参考,从而有助于全面了解我国蛋白质组学在国际上所处地位,并为我国在该领域未来重点研究方向及国际合作发展提供对策和建议。并以此参考,制定了863计划“十二五”蛋白质组重大项目技术路线图,确定了研究目标、研究任务和预期成果产出,为我国蛋白质组学研究“十二五”发展路线指明了方向,并为中长期可持续发展奠定了基础。
刘英超[4]（2009）在《基于激光捕获显微切割技术的垂体泌乳素腺瘤蛋白组学研究》文中认为垂体腺瘤在颅内肿瘤中发病率仅低于脑胶质细胞瘤和脑膜瘤，约占所有颅脑肿瘤的16．7％，泌乳素（Prolactin，PRL）腺瘤是最常见的功能性垂体腺瘤，约占垂体瘤总数的25～41％。PRL腺瘤常因过量分泌PRL激素引起一系列组织器官代谢紊乱和功能障碍。女性主要症状为：闭经、泌乳和不孕；男性主要表现：视力下降、头痛和性功能障碍。部分PRL腺瘤呈侵袭性垂体腺瘤是指肿瘤呈浸润性生长，侵犯硬脑膜、海绵窦、骨质等周围结构甚至极少数呈恶性肿瘤表现。越来越多的证据显示：垂体腺瘤虽然为单克隆起源，但其发病机制是一个涉及多基因、多蛋白相互作用的结果。既往针对单一基因或蛋白进行研究，不仅耗时费力且难以全面揭示垂体腺瘤发生、发展的分子机制，蛋白组学可以通过高通量的方式在蛋白整体水平揭示垂体腺瘤的发病机理。目前高通量研究蛋白质表达差异的主流技术是双向凝胶电泳（Two-dimensional gelelectrophoresis，2-DE），它根据蛋白质不同的特点分两相分离蛋白质。目前国际上已经有几项垂体腺瘤的的差异蛋白质组学研究，但鉴定的蛋白质数目很有限，所取样品均为混合细胞样品而且2-DE蛋白质组学技术存在操作繁琐、不稳定和低丰度的蛋白不易检测等缺点。本论文运用激光捕获显微切割（Laser capture microdissection，LCM）技术解决垂体腺瘤蛋白组学的“异质性”问题；采用鸟枪法质谱（Shot-gun）即2D-LC-MS／MS质谱联用策略鉴定全蛋白质酶解产物进行垂体腺瘤蛋白表达谱和比较蛋白组学研究。本论文有四个部分组成第一章概述了质谱技术与蛋白质组学的研究策略，包括离子源、质谱仪、凝胶质谱联用技术、多维色谱质谱联用技术、质谱成像为主的分离鉴定技术，对特定细胞进行激光捕获显微切割分离技术，以及用于研究差异蛋白质的定量蛋白质组技术。在此基础上提出了本课题的研究内容。第二章主要研究垂体PRL腺瘤以及正常垂体的全蛋白表达谱。我们首先通过比较不同浓度TritonX-100和作用时间对冰冻PRL腺瘤和正常垂体免疫组化特异性和阳性率影响，获得最佳效果导航LCM获取蛋白组学研究样品。运用激光捕获切割获取的PRL腺瘤（冰冻和福尔马林固定）以及正常垂体50 000-100 000PRL阳性细胞，采用尿素和硫脲联合或者2％十二胺磺酸钠（SDS）提取细胞蛋白采用二维液相色谱-串联质谱（LTQ-Orbitrap）进行蛋白表达谱研究。通过串联质谱鉴定泌乳素腺瘤蛋白表达谱为2243个蛋白。提取福尔马林固定石蜡包埋泌乳素腺瘤PRL细胞，2％SDS高温30min提取蛋白后进行二维液相-LTQ-Orbitrap串联质谱鉴定福尔马林固定泌乳素腺瘤蛋白表达谱（1521），鉴定肽段和蛋白和冰冻组织表达谱（1652）相比较在多种理化性质上具有很大的相似性。本章最后一节我们运用LCM对解剖获取的正常垂体内PRL细胞进行蛋白表达谱分析，研究结果表明，鉴定表达谱（1662）在蛋白数量、蛋白理化性质上具有很大的相似性。通过本章研究我们认为：免疫组化图像导航LCM可以整片获取纯净PRL细胞，配合紫外线切割带膜金属切片，甚至可以获取单个PRL。获取细胞形态良好，肿瘤细胞和间质细胞及周围细胞对比度鲜明，可以为进一步的垂体腺瘤蛋白组学研究提供高质量的研究样品。利用SDS-PAGE进行蛋白预分离可降低蛋白复杂性，增加蛋白鉴定量。二维液相色谱-电喷雾-串联质谱分析获取PRL细胞的蛋白组学表达谱是理想的蛋白组学研究方式。蛋白表达谱的研究为以后继续深入研究比较蛋白组学奠定了重要基础。差异蛋白组学的研究可以更好的理解泌乳素腺瘤的发病和预防，第三章我们通过免疫组化图像导航LCM获取实验所需的PRL细胞，使用新型的iTRAQTM结合二维高效液相色谱／串联质谱（QSTAR）联用技术构建了正常垂体及泌乳素腺瘤蛋白质组数据，共鉴定到263种蛋白质表达。计算iTRAQ比率进行蛋白质的相对定量比较，以1．4倍为基准，坚定出82个差异蛋白，其中49个蛋白上调和32个蛋白下调。通过Western-Blot技术对HMGB1、Cofilin-1、YWHAE、Vomentin、ANXA5差异蛋白进行验证，统计结果显示差异表达和定量信息基本吻合，这些蛋白与垂体腺瘤的发生和侵袭性有着密切的关系。第四章进一步研究差异蛋白在垂体腺瘤发病机理中的作用，我们通过生物信息软件DAVID对定量比较蛋白组学鉴定的差异蛋白进行不同功能分类；利用KEGG软件寻找与鉴定差异蛋白关系最密切的病理通路。通过DAVID和KEGG生物信息软件对差异蛋白分析发现差异蛋白在定位上主要位于细胞浆，分子功能上与细胞内蛋白的组装和合成、细胞凋亡有关，KEGG显示差异蛋白与局灶黏附和细胞骨架蛋白调节有关。对差异表达的蛋白质进行生物信息学分析，确定差异表达的蛋白质生物学意义，为探索PRL腺瘤诊断、治疗、预后规律的相关规律奠定基础。
王雪[5]（2009）在《大豆抗胞囊线虫机制及与抗性相关的差异蛋白质组学研究》文中指出本论文从大豆抗大豆胞囊线虫3号生理小种的抗性生化本质入手,系统地研究了大豆根系分泌物作用、膜脂过氧化作用、光合能力、物质代谢能力、防御酶系统和几丁质酶活性等多个方面与抗性的关系;本文首次利用我国特有的抗病品种哈尔滨小黑豆（ZDD7170）与辽宁省农科院培育的主栽品种辽豆10成功配制杂交组合,通过分组分离法（Bulked Segregation Analysis,BSA）建立F4代抗感池,研究了F4代抗感池之间与抗性相关的差异蛋白。这些对于从根本上揭示大豆抗大豆胞囊线虫病的抗性本质具有重要意义,为培育高抗的大豆品种提供了有力的理论支持。主要研究结果如下:1.不同抗性品种不同时期的根系分泌物对二龄幼虫的趋化性影响呈现出不同规律。总体表现为感病品种根系分泌物对二龄幼虫有较强的吸引性,而抗性品种表现不规律,在线虫容易侵入的幼苗期,某些抗病品种甚至还对二龄幼虫表现出了一定的排斥性。胞囊孵化影响的试验结果表明,感病品种的根系分泌物能明显促进胞囊的孵化,而抗病品种的根系分泌物对胞囊孵化的影响不明显。2.不同抗性大豆品种根系分泌物中氨基酸种类和含量与大豆抗病性有一定的关系。大豆根系分泌物中氨基酸总含量随品种对大豆胞囊线虫病抗性的增加而降低,抗病品种根系分泌物中检测到的氨基酸总含量平均为26.77mg·L-1,而在感病品种根系分泌物中平均达到87.90mg·L-1。谷氨酸、甘氨酸、丙氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸和赖氨酸等几种氨基酸在根系分泌物中的表达量与品种的抗性呈一定的负相关,而半胱氨酸和酪氨酸在抗病品种灰皮支黑豆和小粒黑豆中有高量表达而在感病品种中却未检测到,与抗病性关系更为密切。3.大豆胞囊线虫侵染后抗感品种细胞膜系统受破坏程度不同。感病品种细胞膜受到了严重的伤害,根部组织内MDA含量显着增加,电解质渗漏严重:大多数抗病品种中的MDA含量虽然也有少量增加但与对照相比差异不大,电解质渗漏总体上低于感病品种。4.物质代谢与抗病性有着密切关系。接种大豆胞囊线虫后供试抗病品种根内可溶性糖含量有不同程度的提高,感病品种根内可溶性糖含量低于抗病品种,认为寄主植物可能需要适当的糖类物质作为抗病反应的激发子来抵御线虫的侵染,而根系中低糖含量更有利于大豆胞囊线虫的侵入;受大豆胞囊线虫侵染诱导后,抗病品种根内可溶性蛋白含量变化较大,有明显的升高,这一现象与大豆受侵染后诱导产生与抗性相关的蛋白有一定关系。5.受线虫侵染后大豆根内防御相关酶系,包括苯丙氨酸解氨酶（PAL）、多酚氧化酶（PPO）、超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化物酶（POD）和几丁质酶活性出现了明显的变化,其中PAL和SOD表现出酶活的动态变化与对大豆胞囊线虫的抗病性关系更为密切。6.通过对大豆双向电泳实验条件的优化,确定了以TCA/Acetone法提取大豆蛋白,裂解缓冲液为9M Urea,2M Thiourea,4%CHAPS,100mM DTT,0.5%Carrier ampholyte,4%NP-40,1mM PMSF,2mM EDTA,40mM Tris-HCl,18cm pH4-7IPG StripIEF等电聚焦时间最终控制在8000V,75000vh,聚丙烯酰胺凝胶浓度为12%的双向电泳最佳条件。7.通过分离群体分组分析法构建抗病品种哈尔滨小黑豆与辽豆10杂交后代抗感池材料,F4代抗、感池经双向电泳各检测到近500个蛋白点,从2-DE图谱上找到28个明显差异表达的蛋白点,通过基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术（MALDI-TOF/TOF）获得了这28个蛋白点的肽质量指纹图谱（PMF）,Mascot数据库搜索比对后,鉴定了16个蛋白质点,它们分别是cytosolic ascorbate peroxidase9（112）;ribulosel,5-bisphosphatecarboxylase/oxygenase,Rubisco（87）;Oxidoreductase（110）;retrotransposonprotein,putative,Ty3-gypsy subclass（36）;calmodulin binding protein（131）;phospholipase C（243）;putative proteasome 20S betal.1 subunit（92）;RNA polymerase beta’subunit（356）;alpha 2 actin（183）;Predieted protein（55,332）;hypothetical protein（62,215,298,407,415）。其中,F4抗病池上调表达的蛋白点（QUALITY）有:87,92,112;仅在F4感病池中表达的蛋白点（QUALITY）有:183,298,332,407,415;抗病比感病池含量上调3倍以上的蛋白点有110,131;抗病比感病池含量下调3倍以上的蛋白点有:36,55,62,215,243,356。它们分别参与了植物自身的防卫反应、能量代谢、细胞信号传导和转录调控等多个生理生化过程,这些上调或下调的蛋白都是复杂的蛋白调控网络中的一部分,在植物的抗病反应中协同起着重要作用。
张音[6]（2008）在《药物靶标发展相关科学和技术问题的情报研究》文中研究表明随着人类基因组计划的完成、基因功能的发现,以及各种高通量筛选方法的实现,药物靶标已经成为了现代创新药物研发的一个重要环节。尽管如此,药物靶标发展领域仍然有一系列科学和技术问题尚未解决,比如进入临床试验和上市的新药数量并未随着潜在药物靶标的增加而有所增长,反而还出现了下降趋势。对药物靶标发展相关的科学和技术问题进行深入系统的情报学研究,有助于我们客观地评估药物靶标未来的发展前景、需解决的关键问题及其面临的机遇与挑战,从而为我国的药物靶标发展提供有价值的参考。本研究从情报学角度出发,以药物靶标发展相关的科学和技术问题为目标对象,全面梳理了药物靶标发展的理论问题;系统分析了科学和技术对药物靶标发展的影响;深入探讨了药物靶标发展的现状和内在规律;详细阐明了药物靶标发展的专利环境问题;在此基础上研究提出了我国发展药物靶标的针对性对策与建议。本论文共分六个部分。第一部分是药物靶标发展的理论问题研究。采用定性研究的方法,对近10年来Pubmed数据库中的药物靶标文献进行了全面梳理。主要从药物靶标产生的理论背景、药物靶标内涵的发展变化、药物靶标模式的发展历程、药物靶标“可药性”的界定以及药物靶标发展的主要影响因素等五方面进行分析。研究提出了药物靶标理论是在锁钥假说、受体理论、药靶模型等学说的基础上逐步发展而成的;药物靶标的内涵从传统意义上的蛋白质扩展到了包括核酸、蛋白质、多糖和脂类在内的多种分子;药物靶标模式经过了萌芽期、成长期、发展期和成熟期等发展阶段;药物靶标的“可药性”可以从生物化学性质和生物学特性两方面来界定;科学和技术因素、知识产权因素和市场因素是影响药物靶标发展的主要因素。第二部分是科学和技术对药物靶标发展的影响研究。采用定性研究的方法,对近年来Pubmed数据库和清华全文数据库中的药物靶标文献进行了系统分析,回顾了以往的科学和技术对药物靶标的推动作用,探讨了当前科学和技术的新进展对药物靶标产生的影响;采用对比研究的方法,对美国、欧盟、日本和我国的药物靶标相关科学技术政策进行了对比分析;并在上述研究的基础上提出了当前科学和技术条件下药物靶标发展面临的重要机遇。研究表明,以往的科学和技术推动了药物发现领域的重大变革,改变了药物靶标发展的外部环境,提高了药物靶标开发的效率;生命科学的新发现提出了药物靶标研究内容的网络化,生物技术的新突破实现了药物靶标开发手段的多样化;各国都十分重视药物靶标的研究,并在国家层面上部署了相关的科学技术政策,以鼓励生物制药公司和研发机构开展药物靶标研究;在当前的科学和技术条件下,药物靶标发展面临着药物靶标模式不断完善、开发平台日益改进、学术交流活跃和应用领域拓宽等诸多机遇。第三部分是药物靶标发展现状及其内在规律研究。对近10年来Web of Science数据库中收录的30000多篇药物靶标文献进行了文献计量学分析,并对同一时期美国国立卫生研究院和我国国家自然科学基金委员会的药物靶标项目受资助情况进行了统计分析和对比研究。结果表明,除了个别年份有所波动外,药物靶标的发展保持了较平稳的上升势头;我国与美国相比较,无论是在发表的药物靶标文献方面还是在项目受资助的方面,都存在着较大的差距。运用自身组织特征映射的数学原理以及文献的主题词共词聚类分析软件,对2005～2007年MEDLINE CD-ROM光盘数据库中收录的近7000药物靶标文献进行共词聚类,从文本信息分析角度来揭示药物靶标开发的热点领域。结果表明,抗肿瘤药物的靶标是目前聚焦度最高的药物靶标;酶也是目前表现较为活跃的一类药物靶标。采用定性研究和定量研究相结合的方法,对目前开发成功的药物靶标和正在研究的药物靶标的特点和内在规律进行综合分析。结果表明,目前开发成功的药物靶标约为500种,每年开发成功的新靶标仅为3～5种,G-蛋白偶联受体、核受体、配体门控性离子通道以及电压门控性离子通道是开发成功率最高的4类药物靶标,开发成功的靶标大多位于细胞膜上,用于治疗肿瘤、心血管疾病等重大疾病;开发成功的药物靶标具有靶标家族以外的同系物数量、分布的组织数量和参与的调节通路数量较少等特点;正在研究的药物靶标存在着专利密集和亚型过多等瓶颈问题。对药物靶标发展面临的主要挑战进行了综合分析,涉及产品生产逐渐下滑、靶标验证十分困难、市场竞争日益激烈和监管政策更加严格等几方面内容。第四部分是药物靶标的专利环境研究。采用定性方法,对药物靶标专利的范围进行了界定,并对药物靶标专利及专利许可的申请问题进行了探讨;采用定量方法,对药物靶标专利申请量的年度变化、机构分布和学科分布情况进行了统计分析。研究提出,目前的主流观点认为应对药物靶标授予专利,药物靶标专利的权项要求包括编码X受体的基因、X受体、表达该受体的突变基因等六类;如果能够在功能上而非在结构上对特定药物靶标进行充分描述（包括该靶标分子在药理活性中所起的生物学作用）,则可以被授予该靶标的相关专利;生物制药公司和研发机构在申请药物靶标的专利许可时,大多仅申请非独占性许可。除了个别年份有所波动外,药物靶标专利的申请量基本保持在一个平台水平上;科研机构和生物技术公司是申请药物靶标相关专利的主要机构,制药公司申请的专利所占份额相对较小。第五部分是药物靶标发展的对策与建议研究。对药物靶标发展的前景、需要解决的关键问题以及我国药物靶标的发展现状等几方面进行了综合分析,在此基础上研究提出了我国发展药物靶标的针对性对策与建议。在药物靶标发展的前景分析中,探讨了创新药物数量减少的原因以及科学技术发展进程对药物靶标发展的影响,揭示了药物靶标的发展是科学和技术推动的必然结果,创新药物数量减少是由于药物靶标的开发面临着比以前更大的难度以及科学和技术的发展进程出现的一些问题所造成的,随着科学和技术的不断发展以及上述问题的逐步解决,未来的药物靶标开发无论是在数量上还是质量上都会取到令人鼓舞的成绩。在药物靶标发展需要解决的关键问题分析中,提出了科学和技术、靶标的内在规律以及专利等几个关键的问题,科学和技术问题包括选择最佳的药物靶标开发平台和合适的药物靶标创新策略;靶标的内在规律问题包括分析开发成功的药物靶标的内在规律以及正在研究的药物靶标的共有特性;专利问题包括界定药物靶标的专利范围和申请药物靶标专利及专利许可等。在我国药物靶标的发展现状分析部分中,阐明了我国在发展药物靶标方面存在的差距（药物靶标的研究基础薄弱、研发理念落后）,及其面临的机遇（科技环境为药物靶标发展创造了条件、经验积累为药物靶标研究奠定了基础、重点项目启动了药物靶标的发展进程）。在此基础上,从政策层面、科学技术层面、靶标的内在规律层面和专利层面上分别提出了我国发展药物靶标的针对性对策与建议。在政策层面上,要坚定药物靶标开发的信心、关注创新药物研发的趋势和利用我国中药方面的优势;在科学和技术层面上,要建立“多元化”的药物靶标开发平台、开展“跟随创新”为主的策略;在靶标的内在规律层面上,要科学借鉴开发成功的药物靶标的内在规律,并谨慎对待正在研究的药物靶标的共有特性;在专利层面上,要正确界定药物靶标专利的范围和合理申请药物靶标专利及专利许可。第六部分是主要研究结论。对本论文的研究结果与结论进行了简要的概括,并对研究中存在不足和局限性进行了讨论。
叶成[7]（2006）在《化学学科发展综合报告（2006）》文中研究说明一、引言（一）化学是承上启下的中心科学在进入了21世纪的今天,人们在谈论科学的发展时指出,"这将是一个生命科学和信息科学的世纪",那么究竟"化学还有什么用呢?"。诚如诺贝尔化学奖获得者HWKroto在回答这个问题时所述,"正是因为21世纪是生命科学和信
丁学知[8]（2006）在《苏云金杆菌4.0718菌株的cry杀虫基因和功能蛋白质组学研究》文中研究说明研究和发展现代植物保护生物技术，确保食品安全，保护生态环境和维护人类健康具有重要意义。近年来，利用苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis，Bt）取代有残留杀虫化学农药控制植物害虫，实施生态农业计划，已成为国际上发展的新趋势。但在对提高Bt杀虫毒力、挖掘新的cry杀虫功能基因和研究其蛋白质组学上有待深入进行。本文利用微生物技术，分子生物学技术和蛋白质组学方法，选育出Bt4.0718新菌株，系统研究了cry基因，发现了新的杀虫基因，利用烟草几丁质酶基因tchi B与Bt4.0718菌株的cry1Ac基因重组，获得高效杀虫工程菌。首次对Bt的杀虫功能蛋白质组进行了研究。Bt作为微生物杀虫剂在生产上成功推广和应用，很大程度上取决于高毒力菌株的选育。本研究从湖南不同生态区域采集的858份土样中，分离出30份Bt菌株。从中筛选一株具有典型Bt菌落特征和较高杀虫毒力的7012c为出发菌株，经紫外线和两次亚硝基胍（NTG+LiCl）的交替复合诱变，发现菌体的伴孢晶体的形状、大小、数量和芽孢同伴孢晶体的比例与杀虫毒力密切相关。以此特征为依据进行快速初筛和毒力生测复筛，获得一株高毒力突变杀虫新菌株4.0718。该突变株杀虫毒力与出发菌株相比提高了7.5倍，在6h、12h、和24h内供试小菜蛾三龄幼虫死亡率分别高达20％、97％和100％。此菌株经连续10代培养稳定遗传。这为高毒力杀虫菌株的选育提供了一种简单和快速的方法。在对4.0718进行单因子培养条件试验的基础上，采用正交设计试验和结合杀虫毒力生测，对该菌株进行发酵试验，获得了最佳发酵条件。Bt菌株的杀虫活性与其携带的编码杀虫晶体蛋白（ICPs）的cry基因密切相关。通过PCR扩增的产物电泳检测，4.0718含有cry1和cry类杀虫基因，显示出4.0718菌株cry基因类型丰富。将4.0718菌株质粒上的cry1Ac基因和烟草几丁质酶基因tchiB（去掉信号肽和去信号肽再加肠激酶位点）重组，经双酶切和亚克隆，将带有cry1Ac基因上游启动序列和下游终止序列的重组基因片段克隆至穿梭载体pHT315中，分别构建重组质粒pHUAccB6和pHUAccB7，转入E.coli，电转入Bt无晶体突变株XBU001中，获得重组菌株HAccB6和HAccB7。通过液体双相孢晶分离提取后，将晶体和上清液分别进行SDS-PAGE分析，双价重组基因与对照cry1Ac基因在无晶体突变株中表达量相比较，获得高效表达的双价融合蛋白。经定量分析：双价融合蛋白分别占总蛋白量的62.5％；Cry1Ac蛋白占蛋白总量的42.0％。经原子力显微镜和电子显微镜观察，表达后的融合蛋白呈菱形和椭圆形晶体，其规格约为1.5×3.0μm。经生测分析，两株工程菌HAccB6和HAccB7的重组基因表达的融合晶体蛋白二者在毒力上比较接近，而与对照工程菌HAc5和野生菌4.0718相比较，速杀时间提前36h。工程菌HAccB6对棉铃虫（Heli coverpa armigera）具有高效杀虫活性，其72h LC50值为9.10μg／mL，为对照菌杀虫毒力的4.529倍。结果显示出tchiB基因与cry1Ac基因重组后的表达产物具有显着的杀虫增效作用。首次对Bt杀虫晶体蛋白质进行了研究。用液体双相法和等电点沉淀法纯化晶体蛋白，结合用2-DE分离的蛋白质进行质谱鉴定，确定了伴孢晶体蛋白总蛋白质的提取方法，获得了更清晰、分辨率更高和聚焦效果更好的2-DE图谱，建立了Bt晶体蛋白的双向电泳方法。对分别属于Bt的3个不同亚种的库斯塔克亚种4.0718、武汉亚种140菌株和以色列亚种H14菌株及相关工程菌株HAccB6和HAccB7的晶体蛋白质进行了系统的研究。工程菌HAccB6和HAccB7菌株分别检测到356±9和400±11个，其中两者129个蛋白质斑点相互匹配，平均匹配百分率为30％。等电点沉淀法双向电泳（2-DE）图谱中检测到90±9和193±11个蛋白质斑点数，其中两者的80个蛋白质斑点相互匹配，平均匹配百分率为40％，说明两者在毒力以及杀虫谱上的相似性和差异性。对2-DE胶上大部份蛋白质点进行了质谱分析，鉴定出各菌株的晶体蛋白成份中的7类功能蛋白质，即杀虫毒蛋白（Cry1Ac、Cry2Aa、CryIG，CryH2，Cry1Ab16，Cry2Ac2）、晶体形成相关结构蛋白（伴侣蛋白dnak）、蛋白质折叠和组装的重要调节者热休克蛋白HSP60，物质代谢酶类（分支链氨基酸转氨酶、烯醇酶、丙酮酸脱氢酶复合物E3）、蛋白质合成因子（ATP合成酶F1、ATP合成酶β-链、β-内酰胺酶、翻译延长因子Ts、Tu、G）、延长因子EF-Tu和EF-Ts、假想蛋白、转运蛋白（ABC transporter ATP-binding protein）、和蛋白引发因子（Trigger factor）等。从研究的Bt菌株中都鉴定有HSP-60，翻译延长因子Tu这两种蛋白，认为这两种蛋白很可能为晶体形成相关的重要蛋白，且杀虫晶体蛋白在结构与杀虫活性功能上的关系密切。这些表达谱和功能蛋白质组的研究将有助于对杀虫晶体蛋白杀虫机理的理解。特别是在Bt武汉亚种中新发现了Cry2Ac6蛋白。晶体蛋白种类的不同则有助于解释4.0718菌株高效杀虫的生化功能特征。结合利用CPHmodles、Ds ViewerProTrial和Swiss-Pdb Viewer软件，发现新型的Cry2Ac6与Cry2Aa的毒性核心片段空间结构有一定差异。说明与昆虫中肠受体蛋白结合的亲和力不同，引起其在杀虫毒力上的差异。总之，本项研究为苏云金芽孢杆菌高毒力杀虫菌株的选育、发酵条件、cry基因与外源毒素基因重组及亚种间功能蛋白质组学研究提供了一系列的方法和可借鉴的研究思路，鉴定了与杀虫毒力相关的cry基因及其功能蛋白质组，创新性研究了不同原毒素分子结构与杀虫活性之间的内在规律及其与昆虫细胞受体结合机制的信息。
黄国琼[9]（2006）在《生命科学发展前沿对高等医学教育的影响与对策研究》文中指出21世纪生命科学和生物高新技术的迅猛发展,正在使人类疾病的预防、诊断、治疗手段和方式发生革命性的变化。基于医学教育的超前性、周期性、延续性特点,研究生命科学发展前沿领域对医学教育的影响与对策,对指导医学教育改革,培养“面向世界,面向未来,面向现代化”高级医学人才具有重要意义。本研究吸收了系统科学、生命科学、医学、教育学等相关学科的研究成果,运用专家深度访谈、专家咨询、文献分析、理论分析等方法,探索界定了生命科学前沿、分析了对医学教育的影响并提出了对策。全文共分六部分:第一部分探讨了现代生命科学的重要成就、主要特征及影响生命科学发展的重要因素。第二部分研究并提出生命科学前沿领域的代表是基因组学、蛋白质组学、系统生物学、生物芯片技术、生物信息学、纳米生物技术、组织工程与干细胞、会聚技术,并分析了其特征与意义。第三部分比较分析了国际医学教育标准、我国和发达国家医学人才培养目标与课程设置情况,明确了我国医学教育中存在的主要问题。第四部分咨询研究了生命科学发展前沿的重要程度以及这些前沿应采取的课程方式及课程深度。第五部分探讨了生命科学发展前沿对医学教育人才培养目标、教学内容、教学资源、课程体系与学习方式的影响。第六部分提出了我国医学教育应采取的对策:树立大医学教育观、培养“干细胞型人才”;建立开放式课程体系、加强本科通识课程教育、开设交叉学科和综合性课程、开设前沿课程;改进教学方法和教学手段;优化生源、加强教师培训、实验基地建设和信息化建设。
本刊编辑部,刘斌[10]（2006）在《生物科技的前沿领域》文中研究指明随着DNA的发现和“人类基因组计划”的实施,人类对自身的认识真正进入了生物分子时代,基因组研究成为引领生命科学的前沿领域。从基因组破译到转基因技术和克隆技术等,日益受到世界各国的普遍关注,组学研究正在引领生物技术向系统化研究方向发展。基因组序列测定与基因结构分析已转向功能基因组研究以及功能基因的发现和应用；药物及动植物品种的分子定向设
二、结构蛋白质组学(结构基因组学):本世纪的重大科学工程（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、结构蛋白质组学(结构基因组学):本世纪的重大科学工程（论文提纲范文）
（1）基于硫脲基苯甲酸的磷酸化肽富集材料的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 蛋白质组学基本概述 |
| 1.1.1 蛋白质组学基本概念 |
| 1.1.2 蛋白质组学的研究策略与内容 |
| 1.1.3 蛋白质组学相关技术 |
| 1.1.4 蛋白质组学研究的应用 |
| 1.2 磷酸化蛋白质组学概述 |
| 1.2.1 蛋白质可逆磷酸化修饰 |
| 1.2.2 磷酸化蛋白质组学的重要性 |
| 1.2.3 磷酸化蛋白质组学研究面临的挑战 |
| 1.3 磷酸化蛋白质/肽段的分离与富集 |
| 1.3.1 免疫沉淀法 |
| 1.3.2 化学修饰法 |
| 1.3.3 液相色谱法 |
| 1.3.4 固相金属亲和色谱法 |
| 1.3.5 金属氧化物亲和色谱法 |
| 1.4 阴离子识别的介绍 |
| 1.5 本论文的立意与创新点 |
| 1.5.1 本文的立意 |
| 1.5.2 本论文的创新点 |
| 第2章 3-硫脲基苯甲酸的合成及对磷酸化肽的识别 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验部分 |
| 2.2.1 主要实验装置和仪器 |
| 2.2.2 原料和试剂 |
| 2.2.3 实验方法 |
| 2.3 实验结果与分析 |
| 2.3.1 合成产物的表征 |
| 2.3.2 荧光滴定分析 |
| 2.3.3 傅立叶变换红外光谱分析 |
| 2.3.4 核磁滴定分析 |
| 2.3.5 石英晶体微量天平分析 |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 SiO_2@TBA材料的制备及用于磷酸化肽富集性能测试 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验部分 |
| 3.2.1 原料和试剂 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.3 实验结果与分析 |
| 3.3.1 热重分析表征 |
| 3.3.2 X射线光电子能谱分析表征 |
| 3.3.3 热裂解气相色谱/质谱联用分析 |
| 3.3.4 扫描电镜表征 |
| 3.3.5 样品的比表面积分析表征 |
| 3.4 结合质谱对SiO_2@TBA材料富集磷酸化肽能力分析 |
| 3.4.1 α-酪蛋白酶解 |
| 3.4.2 α-酪蛋白酶解产物除盐 |
| 3.4.3 对酪蛋白酶解物中的磷酸化肽分离富集 |
| 3.4.4 结合质谱技术检测分析 |
| 第4章 总结与展望 |
| 4.1 总结 |
| 4.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 硕士期间获得的科研成果 |
| 参加科研项目情况 |
（2）序列上下文与其蛋白质二级结构的关系（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 目录 |
| 1 绪论 |
| 1.1 生物信息学简介 |
| 1.2 国内外发展状况 |
| 1.3 主要研究方向 |
| 1.3.1 序列比对研究 |
| 1.3.2 蛋白质结构比对和预测 |
| 1.3.3 分子进化和比较基因组学 |
| 1.3.4 基因识别非编码区分析研究 |
| 1.3.5 序列重叠群(Contigs)装配 |
| 1.3.6 遗传密码的起源 |
| 1.3.7 基于结构的药物设计 |
| 1.3.8 生物系统建模 |
| 1.3.9 生物信息学研究方法的研究 |
| 1.3.10 生物图像 |
| 1.3.11 其他方向 |
| 1.4 数据挖掘和生物信息学 |
| 1.4.1 数据挖掘 |
| 1.4.2 数据挖掘在生物信息学中的应用 |
| 1.5 论文主要内容 |
| 2 蛋白质结构预测 |
| 2.1 蛋白结构预测目的和意义 |
| 2.2 蛋白质结构分析 |
| 2.2.1 有关氨基酸的信息及其相互作用 |
| 2.2.2 蛋白质的一级结构 |
| 2.2.3 蛋白质的二级结构 |
| 2.2.4 超二级结构 |
| 2.2.5 蛋白质的三级结构 |
| 2.2.6 蛋白质的四级结构 |
| 2.3 蛋白质二级结构预测 |
| 2.3.1 Chou-Fasman 方法 |
| 2.3.2 GOR 方法 |
| 2.3.3 神经网络方法 |
| 2.3.4 最近邻居方法 |
| 2.3.5 多重序列对比 |
| 2.4 蛋白质三级结构预测 |
| 2.4.1 同源蛋白质结构预测 |
| 2.4.2 蛋白质折叠类型的识别 |
| 2.4.3 蛋白质结构从头预测 |
| 2.5 蛋白质结构预测目前需要解决的问题 |
| 2.5.1 预测准确率难以提高 |
| 2.5.2 如何实现有效并正确的提取到序列中的最多的有用信息 |
| 2.5.3 预测模型难以理解 |
| 2.5.4 预测准确率不均衡 |
| 2.5.5 缺少统一且标准的数据库 |
| 3 蛋白质数据库 |
| 3.1 常用蛋白质序列数据库介绍 |
| 3.2 蛋白质结构数据库 |
| 3.2.1 蛋白质结构数据库 PDB |
| 3.2.2 蛋白质结构分类数据库 |
| 3.2.3 蛋白质结构二次数据库 |
| 4 数据库与软件分析 |
| 4.1 引用数据库 |
| 4.2 软件设计 |
| 4.2.1 软件开发平台 |
| 4.2.2 软件界面设计规范 |
| 4.2.3 软件功能分析 |
| 4.2.4 数据分析流程 |
| 4.2.5 软件设计说明 |
| 5 序列上下文对氨基酸序列片段二级结构的影响 |
| 5.1 数据库与原始序列提取 |
| 5.2 影响序列片段二级结构的因素分析 |
| 5.3 对原始序列的二次提取 |
| 5.4 二次提取序列的数据分析 |
| 5.4.1 氨基酸分类方法 |
| 5.4.2 数据分析方法 |
| 5.4.3 数据分析实施 |
| 5.4.4 二次提取序列分析结果 |
| 5.4.5 关于数据计算的几点说明 |
| 5.5 蛋白质二级结构与氨基酸序列极性 |
| 5.5.1 序列按极性分类 |
| 5.5.2 序列分类分析 |
| 5.5.3 序列分类分析结果 |
| 5.6 序列长度与蛋白质二级结构 |
| 5.6.1 统计方法 |
| 5.6.2 统计结果 |
| 6 结论和展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（3）基于知识图谱的蛋白质组学发展研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 一、研究内容 |
| 二、研究路线 |
| 三、研究方法 |
| 四、科学知识图谱理论、数据来源及应用软件 |
| 第一部分 蛋白质组学研究现状与发展趋势 |
| 一、蛋白质组学研究起源 |
| 二、国际蛋白质组学发展现状 |
| 三、蛋白质组学发展趋势 |
| 四、我国蛋白质组学研究现状 |
| 第二部分 蛋白质组学研究力量分布现状计量分析 |
| 一、学科领域 |
| 二、核心期刊 |
| 三、作者地域和所属机构分布 |
| 四、高被引文献 |
| 五、讨论 |
| 第三部分 基于知识图谱的蛋白质组学发展研究 |
| 一、研究基础 |
| 二、演化趋势 |
| 三、国际合作网络 |
| 四、讨论 |
| 第四部分 基于知识图谱的肝脏蛋白质组学发展研究 |
| 一、研究主体 |
| 二、研究基础 |
| 三、讨论 |
| 第五部分 863“十二五”蛋白质组重大项目技术路线图制定 |
| 一、研究方法 |
| 二、专家选择 |
| 三、立项原则 |
| 四、项目概况 |
| 五、项目年度计划路线图 |
| 六、项目目标与关键技术路线图 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 一、蛋白质组学“十二五”战略发展研讨会纪要 |
| 二、蛋白质组学“十二五”战略发展研讨会专家名单 |
| 综述 |
| 代表性论着 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（4）基于激光捕获显微切割技术的垂体泌乳素腺瘤蛋白组学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 绪论 |
| 第一章 垂体泌乳素腺瘤与正常垂体的蛋白表达谱研究 |
| 第一节 免疫组化图像导航激光捕获切割技术制备蛋白组学研究样品 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二节 基于激光捕获切割技术的垂体PRL腺瘤蛋白表达谱研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第三节 福尔马林固定PRL腺瘤蛋白表达谱分析 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第四节 人类正常垂体的蛋白表达谱研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二章 垂体泌乳素腺瘤的比较蛋白组学研究 |
| 第一节 基于同位素标签相对/绝对定量技术的垂体泌乳腺瘤的定量比较蛋白质组学研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二节 垂体泌乳素腺瘤比较差异蛋白的验证 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第三章 垂体泌乳素腺瘤差异蛋白质的生物信息学分析 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 文献综述 |
| 发表文章 |
| 奖励 |
| 课题申请 |
| 致谢 |
（5）大豆抗胞囊线虫机制及与抗性相关的差异蛋白质组学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一章 大豆抗大豆胞囊线虫及植物蛋白质组学研究进展 |
| 1.1 大豆胞囊线虫病的研究进展 |
| 1.2 大豆抗大豆胞囊线虫的抗病育种及抗病基因的研究进展 |
| 1.3 大豆抗大豆胞囊线虫的抗病机制 |
| 1.4 蛋白质组学的发展及其在植物病理学上的应用 |
| 第二章 大豆根系分泌物与大豆抗大豆胞囊线虫关系的初步研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 不同抗性品种的根染色结果 |
| 2.2.2 不同抗性大豆品种根系分泌物对大豆胞囊线虫二龄幼虫分布的影响 |
| 2.2.3 不同抗性品种离体幼根对大豆胞囊线虫二龄幼虫趋化性的影响 |
| 2.2.4 不同抗性品种根系分泌物对胞囊孵化的影响 |
| 2.2.5 不同抗性大豆品种根系分泌物中氨基酸种类及含量 |
| 2.3 结论与讨论 |
| 第三章 大豆膜脂过氧化作用、光合系统及物质代谢与抗大豆胞囊线虫的关系研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 大豆胞囊线虫侵染对大豆膜系统的影响 |
| 3.2.2 大豆胞囊线虫侵染对大豆幼苗光合能力的影响 |
| 3.2.3 大豆胞囊线虫侵染对大豆体内物质代谢的影响 |
| 3.3 结论与讨论 |
| 第四章 大豆体内几种酶类物质与抗大豆胞囊线虫的相关性研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 大豆胞囊线虫侵染对大豆根系防御酶活性的影响 |
| 4.2.2 大豆胞囊线虫侵染对大豆根内几丁质酶活性的影响 |
| 4.3 结论与讨论 |
| 第五章 适用于大豆植株蛋白质分离的双向电泳技术体系建立 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 大豆叶片总蛋白最佳提取方法的确定 |
| 5.2.2 大豆叶片蛋白提取裂解缓冲液的优化 |
| 5.2.3 大豆叶片蛋白提取最佳等电聚焦条件的确定 |
| 5.2.4 适合大豆根部蛋白分离的双向电泳体系优化 |
| 5.3 结论与讨论 |
| 第六章 大豆根部与抗大豆胞囊线虫相关的差异蛋白质组学研究 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 抗、感池的双向电泳图谱比较 |
| 6.2.2 抗、感池差异蛋白的质谱鉴定 |
| 6.3 结论与讨论 |
| 第七章 结论与讨论 |
| 7.1 大豆根系分泌物与大豆抗大豆胞囊线虫的关系密切 |
| 7.2 大豆胞囊线虫对抗感品种膜系统的破坏有明显差异 |
| 7.3 不同抗性品种的物质代谢与抗病性有关 |
| 7.4 大豆胞囊线虫侵染后根内防御酶系的变化与抗病性密切相关 |
| 7.5 几丁质酶活性与品种的抗病性有关 |
| 7.6 大豆全蛋白双向电泳体系的建立 |
| 7.7 大豆对大豆胞囊线虫的抗性与复杂的蛋白质调控网络密切相关 |
| 7.8 展望及有待于深入解决的问题 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表论文、着作及获奖情况 |
| 论文图表统计 |
（6）药物靶标发展相关科学和技术问题的情报研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 一、问题的提出和研究目的 |
| 二、国内外相关研究现状 |
| （一） 国外相关研究现状 |
| （二） 国内相关研究现状 |
| 三、本课题的研究内容和重点 |
| 四、研究方法 |
| 五、技术路线 |
| 第一部分 药物靶标发展的理论问题研究 |
| 一、药物靶标产生的理论背景 |
| （一） 锁钥假说 |
| （二） 受体理论 |
| （三） 药靶模型 |
| 二、药物靶标内涵的发展变化 |
| （一） 传统的药物靶标—蛋白质 |
| （二） 新兴的药物靶标—DNA、RNA |
| （三） 潜在的药物靶标—多糖、脂类 |
| 三、药物靶标模式的发展历程 |
| （一） 萌芽期 |
| （二） 成长期 |
| （三） 发展期 |
| （四） 成熟期 |
| 四、药物靶标“可药性”的界定 |
| （一） 药物靶标的生物化学性质 |
| （二） 药物靶标的生物学特性 |
| 五、药物靶标发展的影响因素 |
| （一） 科学和技术因素 |
| （二） 知识产权因素 |
| （三） 市场因素 |
| 第二部分 科学和技术对药物靶标发展的影响研究 |
| 一、科学和技术对药物靶标影响的回顾研究 |
| （一） 科学和技术推动了药物发现领域的重大变革 |
| 1. 化学启动了早期的药物发现进程 |
| 2. 药理学等学科加速了药物发现的进程 |
| 3. 后基因组时代各学科为药物发现带来了深远的影响 |
| （二） 科学和技术改变了药物靶标发展的外部环境 |
| 1. 药物研发理念的变化 |
| 2. 医药产业环境的变革 |
| （三） 科学和技术提高了药物靶标开发的效率 |
| 1. 药物靶标开发的技术细化 |
| 2. 药物靶标开发的平台多样化 |
| 二、科学和技术的新进展及其对药物靶标的影响 |
| （一） 生命科学的新发现提出了药物靶标研究内容的网络化 |
| 1. 核酸研究—基因组的结构与功能 |
| 2. 蛋白研究—蛋白质相互作用 |
| 3. 细胞研究—细胞网络调控 |
| （二） 生物技术的新突破实现了药物靶标开发手段的多样化 |
| 1. 下一代测序技术 |
| 2. 高分辨率的荧光显微镜 |
| 3. 微观比对的实验方法 |
| 4. 大分子组装 |
| 5. “自上而下”（top-down）的质谱方法 |
| 6. 庞大的组学网络方法 |
| 7. 观察细胞内单个分子的方法 |
| 三、科学和技术政策对药物靶标发展的影响 |
| （一） 美国—生物医药“关键路径”和“路线图”计划 |
| （二） 欧盟—创新药物计划 |
| （三） 日本—国家科学技术基本计划 |
| （四） 中国—国家中长期科学和技术发展规划纲要 |
| 四、药物靶标发展面临的重要机遇 |
| （一） 靶标模式逐步完善 |
| （二） 开发平台不断改进 |
| （三） 学术交流日趋活跃 |
| （四） 应用领域逐渐扩展 |
| （五） 科学和技术政策持续推动 |
| 第三部分 药物靶标发展现状及其内在规律研究 |
| 一、药物靶标发展速度与规模的计量学研究 |
| （一） 药物靶标的文献分布情况分析 |
| 1. 药物靶标文献的年代分布 |
| 2. 药物靶标文献的学科分布 |
| 3. 药物靶标文献的机构分布 |
| （二） 药物靶标的项目受资助情况分析 |
| 1. 美国国立卫生研究院 |
| 2. 中国国家自然科学基金委员会 |
| 二、药物靶标开发热点领域的共词聚类分析 |
| （一） 数据来源 |
| （二） 分析方法 |
| 1. 基本原理 |
| 2. 技术路线 |
| （三） 结果与结论 |
| 1. 统计主题词频和选取高频主题词 |
| 2. 形成共词矩阵 |
| 3. 产生聚类映射图 |
| 4. 生成层次聚类树和绘制战略坐标 |
| 5. 结果分析 |
| 6. 结论 |
| 三、药物靶标特点与内在规律的综合分析 |
| （一） 开发成功的药物靶标 |
| 1. 开发成功的药物靶标的数量 |
| 2. 开发成功的药物靶标的分类 |
| 3. 开发成功的药物靶标的创新速率 |
| 4. 开发成功的药物靶标的内在特性 |
| 5. 开发成功的靶标及药物的实例分析 |
| （二） 正在研究的药物靶标 |
| 1. 正在研究的药物靶标的内在特性 |
| 2. 正在研究的药物靶标的专利数量 |
| 3. 正在研究的药物靶标的亚型特异性 |
| 四、药物靶标发展面临的主要挑战 |
| （一） 产品生产逐渐下滑 |
| （二） 靶标验证十分困难 |
| （三） 市场竞争日益激烈 |
| （四） 监管政策更加严格 |
| 第四部分 药物靶标发展的专利环境研究 |
| 一、药物靶标专利的范围界定 |
| （一） 药物靶标是否应被授予专利 |
| （二） 药物靶标专利应覆盖的权项要求 |
| 二、药物靶标专利的统计分析 |
| （一） 专利申请量的年度变化 |
| （二） 专利申请的机构分布 |
| （三） 专利申请的学科分布 |
| 三、药物靶标专利的“延展性”权利要求 |
| （一） “延展性”权利要求的内涵 |
| （二） “延展性”权利要求的作用 |
| （三） “延展性”权利要求的覆盖范围 |
| 四、药物靶标专利的申请许可 |
| （一） 药物靶标的专利—非独占性专利许可 |
| （二） 编码治疗性蛋白的专利—独占性专利许可 |
| （三） 生物标志物的专利—非独占性专利许可 |
| 第五部分 药物靶标发展的对策与建议研究 |
| 一、药物靶标发展的前景分析 |
| （一） 创新药物数量减少的原因 |
| （二） 科学和技术的发展进程 |
| （三） 药物靶标的开发前景 |
| 二、药物靶标发展需要解决的关键问题 |
| （一） 科学和技术问题 |
| 1. 选择最佳的药物靶标开发平台 |
| 2. 选择合适的药物靶标创新策略 |
| （二） 靶标的内在规律问题 |
| 1. 分析开发成功的药物靶标的内在规律 |
| 2. 综合正在研究的药物靶标的共有特性 |
| （三） 专利问题 |
| 1. 界定药物靶标的专利范围 |
| 2. 申请药物靶标专利及专利许可 |
| 三、我国药物靶标发展的现状分析 |
| （一） 我国在发展药物靶标方面存在的差距 |
| 1. 药物靶标研究基础薄弱 |
| 2. 药物靶标研发理念落后 |
| （二） 我国在发展药物靶标方面面临的机遇 |
| 1. 科技环境为药物靶标发展创造了条件 |
| 2. 经验积累为药物靶标研究奠定了基础 |
| 3. 重点项目启动了药物靶标的发展进程 |
| 四、我国药物靶标发展的策略 |
| （一） 政策层面 |
| 1. 坚定药物靶标开发的信心 |
| 2. 关注创新药物研发的趋势 |
| 3. 利用我国中药方面的优势 |
| （二） 科学和技术层面 |
| 1. 建立“多元化”的开发平台 |
| 2. 采取“跟随创新”的开发策略 |
| （三） 靶标的内在规律层面 |
| 1. 科学借鉴开发成功的药物靶标的内在规律 |
| 2. 谨慎对待正在研究的药物靶标的共有特性 |
| （四） 专利层面 |
| 1. 正确界定药物靶标专利的范围 |
| 2. 合理申请药物靶标专利及专利许可 |
| 五、结语 |
| 第六部分 主要研究结论与讨论 |
| 一、主要研究结论 |
| 二、讨论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（8）苏云金杆菌4.0718菌株的cry杀虫基因和功能蛋白质组学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 苏云金芽孢杆菌(Bacillus thruingiensis,Bt)研究现状 |
| 1.1 苏云金芽孢杆菌研究的历史 |
| 1.2 苏云金芽孢杆菌的分类 |
| 1.2.1 血清学分类 |
| 1.2.2 杀虫晶体蛋白基因的分类、同源性与生物活性 |
| 1.3 杀虫晶体毒蛋白的结构与生物活性 |
| 1.3.1 伴胞晶体蛋白的形态和化学组成 |
| 1.3.2 杀虫晶体毒蛋白的高级结构 |
| 1.3.3 杀虫晶体蛋白作用机制 |
| 1.4 高毒力菌株的分离及新型杀虫基因的克隆 |
| 1.4.1 Bt微生物基因工程菌的构建 |
| 2 几丁质酶研究概况及在生物防治领域中的应用 |
| 2.1 几丁质酶的研究历史 |
| 2.2 几丁质酶杀虫增效作用 |
| 2.3 对害虫防治的增效机理 |
| 3 微生物蛋白质组学研究进展 |
| 3.1 蛋白质组学概述 |
| 3.2 蛋白质组学的技术进展 |
| 3.2.1 二维凝胶电泳和蛋白质分离分析技术 |
| 3.2.2 生物质谱与蛋白质鉴定 |
| 3.2.3 二维质谱新技术 |
| 3.2.4 多维色谱蛋白质鉴定技术 |
| 3.3 蛋白质组的应用研究 |
| 3.3.1 蛋白质的翻译后修饰 |
| 3.3.2 蛋白质之间相互作用特点 |
| 3.3.3 建立蛋白组数据库 |
| 3.4 微生物蛋白质组学的研究现状 |
| 3.4.1 培养条件改变的微生物蛋白质组学 |
| 3.4.2 微生物定量蛋白质组学 |
| 3.4.3 微生物亚细胞蛋白质组学 |
| 3.4.4 微生物基因工程蛋白质组学 |
| 3.4.5 微生物蛋白质组学与生物信息学的结合研究 |
| 3.5 蛋白质组技术在苏云金芽孢杆菌研究中的应用 |
| 第二章 苏云金芽孢杆菌高毒力菌株4.0718的快速选育及发酵条件的研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 Bt4.0718菌株的选育 |
| 1.1.1 土样、菌株及试虫 |
| 1.1.2 培养基 |
| 1.1.3 诱变处理方法 |
| 1.1.4 初筛 |
| 1.1.5 复筛 |
| 1.1.6 毒力测定 |
| 1.2 Bt4.0718菌株的发酵条件 |
| 1.2.1 仪器与试剂 |
| 1.2.2 发酵培养条件试验表头设计 |
| 1.2.3 培养基氮的测定 |
| 1.2.4 培养基碳的测定 |
| 1.2.5 生物量测定和细胞学观察 |
| 1.2.6 发酵液的上清液和菌糊的制备 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 高毒力杀虫菌株4.0718的选育系谱 |
| 2.2 复合诱变后菌体涂片镜检初筛结果 |
| 2.3 701~(2c)复合诱变菌株毒力测定 |
| 2.4 4.0718菌株的速杀效果 |
| 2.5 不同C/N比对4.0718菌株杀虫毒力的影响 |
| 2.6 不同pH、温度、培养时间的发酵菌液对杀虫毒力的影响 |
| 2.7 不同接种量、装液量和激活剂(FeSO_4)发酵菌液对杀虫毒力的影响 |
| 2.8 上清液和菌体对杀虫毒力的影响 |
| 3 讨论 |
| 第三章 苏云金芽孢杆菌cry1Ac基因与烟草几丁质酶基因tchi B的双价基因融合表达及其杀虫增效作用 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 菌株和质粒 |
| 1.2 培养基和培养条件 |
| 1.3 主要试剂和仪器 |
| 1.4 cry基因PCR引物设计 |
| 1.5 cry基因PCR分析 |
| 1.6 质粒DNA的分离和纯化 |
| 1.7 重组质粒的构建、转化及其稳定性检验 |
| 1.7.1 PCR扩增含有上游启动序列的cry1Ac基因 |
| 1.7.2 PCR扩增烟草几丁质酶基因tchiB |
| 1.7.3 PCR扩增含有下游终止序列的cry1Ac基因 |
| 1.7.4 PCR扩增融合基因 |
| 1.7.5 融合基因表达载体的构建 |
| 1.7.6 融合基因表达载体电转化无晶体突变株XBU001及筛选 |
| 1.7.7 融合蛋白的分离提取和SDS-PAGE检测 |
| 1.8 原子力显微镜和扫描电子显微镜观察 |
| 1.8.1 原子力显微镜观察 |
| 1.8.2 扫描电子显微镜观察 |
| 1.9 供试昆虫和生物活性测定 |
| 2.0 序列测定 |
| 2 结果和分析 |
| 2.1 cry基因通用引物的特异性 |
| 2.2 4.0718菌株cry1和cry2特异基因型鉴定 |
| 2.3 融合基因的构建和鉴定 |
| 2.4 融合基因表达载体的构建 |
| 2.5 表达载体pHAccHB6、pHAccHB7电转化无晶体突变株XBU001 |
| 2.6 融合蛋白的分离提取和SDS-PAGE分析 |
| 2.7 原子力显微镜和扫描电子显微镜观察 |
| 2.7.1 原子力显微镜观察 |
| 2.7.2 扫描电子显微镜观察 |
| 2.8 生测分析 |
| 3 讨论 |
| 第四章 苏云金芽孢杆菌功能蛋白质组学研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 菌株与培养条件 |
| 2.2 主要试剂和仪器 |
| 2.3 方法 |
| 2.3.1 伴孢晶体蛋白的分离 |
| 2.3.2 蛋白质含量测定 |
| 2.3.3 杀虫晶体蛋白的双向电泳 |
| 2.3.4 凝胶图像分析 |
| 2.3.5 蛋白质的原位酶解 |
| 2.3.6 MALDI-TOF肽质谱指纹图谱分析 |
| 2.3.7 质谱数据的数据库查询 |
| 2.4 Cry2Ac蛋白的三维结构分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 苏云金芽孢杆菌杀虫晶体双向电泳条件的研究 |
| 3.1.1 优化晶体蛋白的裂解液配方 |
| 3.1.2 选取最适宜上样量 |
| 3.1.3 选用分离效果好pH胶条 |
| 3.1.4 摸索杀虫晶体蛋白提取方案 |
| 3.2 苏云金芽孢杆菌杀虫晶体蛋白质研究 |
| 3.2.1 苏云金芽孢杆菌亚种间杀虫晶体蛋白的比较蛋白质组研究 |
| 3.2.2 Bt程菌株的比较蛋白质组研究 |
| 3.2.3 蛋白质斑点的MALDI-TOF-MS肽质量指纹分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 2-DE图谱的获得与分析 |
| 4.2 部分蛋白质点的功能分析 |
| 4.3 Cry蛋白核心片断的结构特征分析 |
| 全文总结 |
| 1.结论 |
| 2.主要创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 英文缩写与译名 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
| 在读博士期间主要学术成果 |
（9）生命科学发展前沿对高等医学教育的影响与对策研究（论文提纲范文）
| 英文缩写一览表 |
| ABSTRACT |
| 中文摘要 |
| 第一部分 现代生命科学发展的简要回顾 |
| 一、有关概念的界定 |
| 二、现代生命科学取得的重要成就 |
| 三、现代生命科学的几个重要特征 |
| 四、影响生命科学发展的几个重要因素 |
| 第二部分 生命科学发展前沿及其意义 |
| 一、生命科学前沿领域的界定 |
| 二、当前生命科学发展的几大前沿领域及其进展 |
| 三、生命科学前沿的特性与意义分析 |
| 第三部分 高等医学教育现状与趋势分析 |
| 一、医学教育国际标准与培养目标 |
| 二、课程模式与课程设置 |
| 第四部分 生命科学发展前沿与高等医学教育专家咨询研究 |
| 一、问卷咨询研究 |
| 二、专家深度访谈 |
| 第五部分 生命科学发展前沿对高等医学教育的影响 |
| 一、生命科学的发展对医学的影响 |
| 二、生命科学发展前沿对高等医学教育的影响 |
| 第六部分 我国高等医学教育应采取的对策 |
| 一、关于教育观念与培养目标 |
| 二、关于课程体系与课程设置 |
| 三、关于生源和师资 |
| 四、关于教育资源 |
| 五、关于教学方法与教学手段 |
| 全文总结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 文献综述 生命科学前沿的特征与意义 |
| 参考文献 |
| 附件一 生命科学前沿对临床医学人才培养目标的重要性及课程方式专家咨询 |
| 附件二 专家访谈提纲 |
| 附件三 在学期间主要科研工作与成绩 |
| 荣誉证书 |
（10）生物科技的前沿领域（论文提纲范文）
| 功能基因组学 |
| 生物芯片 |
| 蛋白质科学研究 |
| 生物信息学 |
| 转基因生物 |
| 克隆与干细胞 |
| 系统生物学 |
四、结构蛋白质组学(结构基因组学):本世纪的重大科学工程（论文参考文献）
- [1]基于硫脲基苯甲酸的磷酸化肽富集材料的研究[D]. 赵瑞. 武汉理工大学, 2017(02)
- [2]序列上下文与其蛋白质二级结构的关系[D]. 马寿勇. 陕西科技大学, 2012(09)
- [3]基于知识图谱的蛋白质组学发展研究[D]. 高雪. 中国人民解放军军事医学科学院, 2011(07)
- [4]基于激光捕获显微切割技术的垂体泌乳素腺瘤蛋白组学研究[D]. 刘英超. 复旦大学, 2009(11)
- [5]大豆抗胞囊线虫机制及与抗性相关的差异蛋白质组学研究[D]. 王雪. 沈阳农业大学, 2009(12)
- [6]药物靶标发展相关科学和技术问题的情报研究[D]. 张音. 中国人民解放军军事医学科学院, 2008(11)
- [7]化学学科发展综合报告（2006）[A]. 叶成. 化学学科发展研究报告(2006), 2006
- [8]苏云金杆菌4.0718菌株的cry杀虫基因和功能蛋白质组学研究[D]. 丁学知. 湖南农业大学, 2006(02)
- [9]生命科学发展前沿对高等医学教育的影响与对策研究[D]. 黄国琼. 第三军医大学, 2006(04)
- [10]生物科技的前沿领域[J]. 本刊编辑部,刘斌. 高科技与产业化, 2006(08)