一、新型的分子标记——SNPs（论文文献综述）
刘丽元[1]（2021）在《GWAS、CNV及ROH挖掘宁夏地区荷斯坦奶牛重要性状候选基因的研究》文中研究指明本研究以宁夏地区荷斯坦奶牛为研究对象,基于系谱信息、生产性能测定（DHI）记录和GGP Bovine 150k SNP基因型数据,利用随机回归测定日模型、全基因组关联分析（GWAS）、基因组拷贝数变异（CNV）和杂合性缺失（ROH）等分析策略定位和挖掘影响荷斯坦奶牛重要生产性状的分子标记、基因组结构变异区域和相关候选基因,探索试验群体在选育和进化过程中留下的基因组选择信号,结果表明:（1）运用随机回归测定日模型对宁夏荷斯坦奶牛第一个泌乳期5个产奶性状和体细胞评分（SCS）进行遗传分析,结果表明该群体各性状的加性方差和永久环境方差均在泌乳初期和后期趋于较大,产量性状（产奶量、乳脂量和乳蛋白量）的遗传力在0.19～0.24之间、乳成分（乳脂率和乳蛋白率）的遗传力在0.39～0.42之间、体细胞评分（SCS）的遗传力为0.11。（2）利用GWAS分析策略鉴定到13个基因组区域（1Mb）、10个SNPs标记和一些已知和未知的候选基因（DGAT1、ABCG2、PTK2、TRAPPC9、SCARB1和SLCO1A2）对宁夏地区荷斯坦奶牛产奶性状和SCS有重要影响。此外,还筛选到一些具有多效性的基因（TIGAR、SPP1、LCORL、NCAPG和LAP3）不仅与牛产奶性状有关,还与乳房炎抗性、生长和屠宰等性状有关。（3）利用 PennCNV（ARS-UCD1.2）、PennCNV（UMD3.1）和 CNVPartition（UMD3.1）在试验群体常染色体基因组中检测到1,790、1,667和619个CNV区域（CNVRs）,其CNVR总长度分别占常染色体总长度的14.2%、13.7%和11.0%。其中,在ARS-UCD1.2基因组中检测到41个高频率CNVRs（群体频率大于5%）。在UMD3.1参考基因组的结果中,不同方法检测到的拷贝数变异区域在群体水平上表现较高的相似度,其重叠区域总长度约为168.71Mb,分别占比PennCNV 结果的 48.9%,占 CNVPartition 结果的 58.43%。（4）关联分析共筛选到23个CNVRs对该群体产奶性状和SCS有较大效应,其中,有6个CNVRs 与已知的产奶性状 QTLs 相重叠,有 5 个 CNVRs（CNVR213、CNVR470、CNVR1061、CNVR1298和CNVR1789）内包含有与奶牛产奶性状密切相关的重要候选基因。此外,本研究发现有55个样本在着名的DGAT1基因上存在拷贝数变异,由于该基因是已知与奶牛乳用性状显着相关的关键基因,探索该基因拷贝数变异对表型的影响也意义重大,目前已将这些个体例为后续验证群体名录。（5）在试验群体中共发现23个高频率ROH区域,其中有5个区域内含有大量已知的对奶牛表型有重要影响的候选基因。位于14号染色体的Win761窗口发现ROH的样本量超过总体的50%,该区域内含有大量与牛生长发育、体尺及采食量等性状显着相关的候选基因,其中包括着名的具有多效性的PLAG1和CHCHD7基因。此外,位于20号染色体ROH区域内的基因多与牛产奶性状相关,位于7、10和29号染色体上的选择区域内的候选基因多与牛繁殖性状相关。荷斯坦牛在品种培育过程中对奶牛体型、泌乳能力及公牛繁殖力等性状进行过强度选择,这些高频率的杂合性缺失区域既是该品种在选育过程中留下的选择信号。综上所述,本研究利用GWAS、CNV和ROH等基因组分析方法充分挖掘影响宁夏地区荷斯坦奶牛重要性状的遗传变异和候选基因,研究结果可以为中国荷斯坦牛育种提供较为重要的基础数据,为解析荷斯坦奶牛重要性状的分子遗传机制提供线索,为后续进一步基因功能研究提供重要依据和设计思路,为未来奶牛更精准的基因组选择方案奠定基础。
黄铭慧[2]（2021）在《大豆对孢囊线虫Heterodera glycines的分子遗传抗性机制研究》文中研究说明大豆孢囊线虫（soybean cyst nematode,SCN,Heterodera glycines）病是一种世界性的毁灭性大豆（Glycine max）病害。防治大豆孢囊线虫最经济有效的方法是结合抗性品种和非寄主品种轮作,但由于土地的有限性,轮作受到限制;高毒有效的化学杀线虫剂已被禁止或者限制使用;SCN在田间是混合群体,存在多个生理小种;目前大多数抗性品种的抗性单一,东北的抗性资源更有限,仅有的抗线品种对变异线虫的抗性已出现减弱或丧失;已存在的抗线育种系的分子遗传背景及抗性机制未知,使得这些资源不能充分被利用。因此筛选和培育多抗品种是当务之急,解析抗性机制使这些抗性种质资源得到充分利用,加速分子辅助育种。本研究的主要结果如下:1.通过对62个大豆基因型的SCN抗性反应进行评价,SCN包括4号生理小种（SCN4,HG type 1.2.3.5.6.7）和5号生理小种（SCN5,HG type 2.5.7）,结果表明了不同品种之间的表型差异非常显着。对rhg1和Rhg4位点进行特异性引物扩增及测序,在51个黑龙江省地方大豆种质资源中,共鉴定了3种单倍型,发现了新的抗病类型且所检测的东北主栽品种均为感病。进一步通过定量PCR分析证实了rhg1和Rhg4的表达量高低和基因的拷贝数相关,而拷贝数与抗感有关。本研究所鉴定的抗性资源及相关的分子标记有利于加速SCN分子辅助育种。2.基于前期结果,选取抗SCN4但对SCN5感病的新型抗性基因型09-138（单倍型II）与地方感病品种绥农54（单倍型III）进行杂交,形成F2代,并对SCN4表型筛选,结果发现表型雌虫指数（Female Index,FI）分布广泛（FI范围,3-439）且后代的FI超出抗病亲本09-138（FI 9）和感病亲本绥农54（FI 113）,表明多基因参与大豆对SCN抗性调控且表现出超亲遗传现象。通过Graded Pool-seq方法检测到SCN抗性相关的区间位于8、10、11、13及14号染色体,总长度为6.5 Mb。通过靶向测序基因型检测（GBTS）,利用单因素标记Kruskal-Wallis（K*）分析（P<0.005）且多因子MQM定位方法（LOD>2）共鉴定了分布在16条染色体上的21个QTLs对抗性的贡献率范围是5.7-12.6%,双亲对抗性均有贡献,证实了SCN抗性的超亲遗传。同时对Graded Pool-seq与GBTS共同检测到的基因区间进行了功能注释,发现了一些与生物和非生物胁迫有关的转录因子可能与大豆抗SCN有关。3.在QTL定位F2（绥农54×09-138）群体时,发现多个微效基因参与抗性,同时发现一些分离个体的雌虫指数FI低但根重比较小。因此为了进一步完善SCN评价指标,该研究首次利用162个BC3F7-BC7F3大豆染色体代换系群体CSSLs（G.max绥农14×野生型G.soja ZYD00006）开展了每克根重SCN的孢囊数（cysts per gram root,CGR）的抗性评价和QTL定位研究,表型鉴定结果表明表型分布广泛,SCN5 FI和CGR都呈现出了超亲遗传现象,FI与CGR的相关性比较低（R2=0.0018）,CGR与根重的相关性较高（R2=0.5424）。使用K*单标记检测和MQM方法共鉴定得到38个QTLs（FI和CGR）覆盖了大豆20条染色体,双亲对超亲遗传都有贡献。研究发现在缺少SCN主要抗性基因（如rhg1和Rhg4）的情况下,综合考虑FI、CGR及根重三者有利基因的组合可以有效抑制线虫繁殖,同时发现对SCN有耐性并适合于东北种植的具有绥农背景的代换系株系具有潜在的应用价值。4.为了解析09-138对SCN4和SCN5的抗性差异,利用全长转录组（ONT）对侵染和未侵染的大豆根部进行测序。通过基因组结构分析,得到lnc RNA转录本为288个,可变剪接数量均在200个左右;转录因子分析中WRKY、AP2/ERF-ERF、NAC、GRAS转录本的数量均在200个以上;差异表达基因分析中共鉴定了2255个DEG。通过对差异表达基因进行功能注释及富集分析,所有过氧化物酶的GO注释与防御线虫反应相关（GO:000215）,KEGG富集于苯丙烷类生物合成（ko00940）;96%的WRKY转录因子与呼吸爆发防御反应相关（GO:0002679）;VQ（Valine-glutamine）motif基因中,与对照相比Glyma.03G120700与Glyma.19G125300基因表达最高,可能在防御线虫方面存在潜在的功能。同时利用q RT-PCR比较了3个单倍型不同抗感的大豆品种（09-138,抗线12号、11-452和东生1号）在3个时间点（3 d、6 d和8 d）对SCN4和SCN5的表达,同一基因表达量的不同,说明对两个线虫之间防御机制不同,对这些基因功能研究将有助于阐明线虫的抗性或者防御机制。综上,本研究所筛选的抗性种质资源、确定的抗性单倍型、鉴定的分子标记能够加速东北大豆抗孢囊线虫分子辅助育种,通过解析大豆-孢囊线虫复杂的互作机制,从而丰富了线虫-植物互作知识。
罗晓平[3]（2021）在《绵羊捻转血矛线虫耐药性调查及耐IVM候选基因的筛选与分析》文中研究表明捻转血矛线虫（Haemonchus contortus）作为全球分布且严重危害反刍动物的寄生虫之一,近年来在世界范围内对防控药物的耐药性不断加剧,给全球畜牧业造成重大经济损失。内蒙古作为我国肉羊主产区,生产模式正在向多元化转变,不同饲养模式下绵羊捻转血矛线虫感染状况及其对常用驱虫药物耐药现状是否一致还尚不清楚,尤其是捻转血矛线虫对伊维菌素耐药机理至今没有统一定论,已发现的耐药基因是否适用于国内现场虫株的耐药性检测知之甚少。为此,本论文从生产实际出发,首先开展内蒙古不同养殖模式下,绵羊捻转血矛线虫感染状况及其对常用驱虫药物的耐药性调查;在此基础上,对捻转血矛线虫耐伊维菌素虫株及敏感虫株进行了分离鉴定,并就分离株耐阿苯达唑情况及已报道的与伊维菌素耐药相关基因表达进行了分析;最后,通过现代分子生物学技术,筛选出了与捻转血矛线虫耐伊维菌素相关的新基因。上述研究内容为制定不同生产模式下捻转血矛线虫的防控策略提供了基础数据,同时也为研究国内捻转血矛线虫对常用驱虫药物的耐药机制提供了虫种资源,更为发现用于评估和检测捻转血矛线虫耐药新基因提供了理论依据。所取得的具体研究结果如下:（1）首先对绵羊胃肠道线虫感染情况进行了调查。结果表明:羊只所感染的优势线虫为捻转血矛线虫（Haemonchus contortus）,其在纯舍饲条件下的牧场感染率为0;在纯放牧模式下,羊群捻转血矛线虫感染则最为严重,平均感染率达到了94.1%,且EPG≥1000的羊只平均占比达到了24.1%;而半舍饲模式下羊群感染状况则介于两者之间,感染率为27.0%～100%,EPG≥1000的羊只平均占比为12.9%。其次,通过粪便虫卵减少试验,了解了纯放牧及半舍饲模式下捻转血矛线虫对常用驱虫药的耐药现状,结果显示,85.7%的群体对伊维菌素耐药;75.0%的群体对阿苯达唑耐药;但60.0%的群体对氯氰碘柳胺钠敏感;且部分种群对伊维菌素和阿苯达唑呈现双重耐药现象。上述结果为筛选适用于本地捻转血矛线虫防控的敏感高效驱虫药物和制订不同防控方案及兽医临床用药指导提供了依据。（2）针对本地区捻转血矛线虫耐药性严重的问题,为进一步弄清已报道基因是否适用于现场虫株的耐药性检测,采用国际通用方法,开展了国内捻转血矛线虫耐伊维菌素虫株的分离,并对其耐药程度进行了分析,结果成功分离到了3个对伊维菌素和阿苯达唑双重耐药的虫株及1个敏感虫株。其中编号为WSHc-001、WSHc-003及CYHHc-136虫株对伊维菌素的耐药比率分别为5.82、26.00和11.26;对阿苯达唑的EC50值均大于0.1μg/m L,鉴定为双重耐药株。编号为YCHc-022虫株对伊维菌素的耐药比率仅有0.89,阿苯达唑的EC50值则小于0.1μg/m L,为双重敏感虫株。其次,通过直接测序技术,对上述分离虫株的Ⅰ型β微管蛋白基因多态性进行分析,结果显示:所有耐药分离株种群内有超过10%的个体携带198位点纯合耐药基因型;有超过10%的个体在198位点和200位点同时存在杂合子基因型。而在敏感分离株中,这2个指标均低于10%。最后,采用RT-q PCR方法,对捻转血矛线虫各分离株P-gps基因的表达情况进行了检测,结果表明:对不同虫株间比较而言:在未用药刺激情况下,国际耐伊维菌素虫株中的P-gp1、P-gp2、P-gp3、P-gp11及P-gp12基因表达均较国际敏感虫株显着升高;但对于现场分离的耐药虫株而言,只有P-gp1和P-gp11的表达量较国际敏感虫株显着升高;而P-gp2、P-gp3、P-gp9及P-gp12较国际敏感虫株表达量显着下调。使用药物刺激后,与国际敏感虫株相比,各耐药虫株只有P-gp12在药物刺激后显着升高,其余几种P-糖蛋白则没有统一的变化规律。对同一虫株用药前后比较,发现在国际虫株和分离虫株之间存在明显的表达差异。该研究成果证实了利用现有耐药性标记分子在进行不同地理环境下的捻转血矛线虫耐药性检测时,其结果会有所差异。（3）为筛选适用于捻转血矛线虫耐伊维菌素检测的新基因,采用基于2b-Rad测序技术的全基因组单核苷酸多态性（SNP）分析方法,以捻转血矛线虫国际耐药虫株和敏感虫株作为研究对象,在基因组中筛选潜在的与捻转血矛线虫耐伊维菌素相关的基因。最终,获得了9个可能具有伊维菌素定向选择特征的基因,其中7个可能编码一些耐药相关功能蛋白。进一步采用PCR直接测序技术对筛选出的3个耐伊维菌素候选相关基因的单核苷酸多态性进行了验证。结果分析并确定了1个捻转血矛线虫耐伊维菌素相关候选功能基因HCOI00506600及1个可作为伊维菌素耐药性诊断的候选标记分子HCOI01200700;也证实了基于2b-Rad测序技术的全基因组单核苷酸多态性分析方法在开展捻转血矛线虫耐药性候选基因筛选中的有效性。
赵胜[4]（2021）在《AIO-seq高通量测序技术开发及玉米NAM群体遗传特性和株型性状QTL定位研究》文中研究说明新一代测序技术（Next Generation Sequencing,NGS）的发展和测序成本的下降,使得其在全基因组基因型检测（Whole Genome Genotyping,WGG）中得到了广泛应用。然而,与测序数据产量的稳步提升相比,测序文库的制备流程仍然效率较低,导致在目前的WGG应用中,文库构建成本远远高于测序成本,尤其是其中耗时且费力的文库片段分选和定量步骤,已成为涉及大样本项目文库制备的瓶颈。针对这一技术难题,我们开展研究,获得的主要结果如下:（1）开发了All-In-One sequencing（AIO-seq）高通量测序技术:将传统文库制备中每个文库都需进行片段分选及定量的繁琐流程,替换为按照每个文库的靶区域浓度（Target Region Concentration,TRC）及预期的数据产出预先将所有文库混合在一起、而后只进行单次片段分选及定量的高效操作;（2）利用AIO-seq测序技术对少量样本混合后的文库进行小数据量测序,以及多样本混合后的文库进行包Lane测序,都可以获得预期的测序数据产出;（3）AIO-seq测序技术可以用于基因组和转录组文库测序,获得预期各样本间相等或不等的测序数据产出;（4）利用简化的AIO-seq测序技术对一个玉米BC1F4群体进行WGG,共鉴定到19个株型性状相关的QTLs,其中部分QTLs含已知的功能基因。AIO-seq测序技术提高了测序文库的制备效率,降低了文库制备成本,在群体遗传学以及植物育种等相关项目中有重要的应用前景。玉米（Zea mays）作为一种重要的生物能源和粮食作物,在世界范围内广泛种植。在构成玉米株型的主要因素中,叶夹角（Leaf Angle,LA）、株高（Plant Height,PH）和穗位（Ear Height,EH）的变化,会对玉米最终的产量产生重要影响。虽然前人已利用不同的分离群体,对控制这三个性状的遗传机制展开研究,但玉米株型调控的复杂机理仍未被完全解析。本研究利用一个新的玉米巢式关联作图群体（HNAU-NAM1）及其全基因组基因型数据（玉米9.4K芯片和百万来源于亲本的SNP标记）,通过单个亚群的连锁分析（Separate Linkage Mapping,SLM）、整合的连锁定位（Joint Linkage Mapping,JLM）以及全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study,GWAS）三种QTL定位方法,分别对LA、PH以及EH三个株型性状进行全面而深入的遗传解析,获得的主要结果如下:（1）对由13个亲本杂交而成、包含1,625个BC1F4或BC2F4株系的玉米HNAU-NAM1群体进行了进化树分析、表型变异分析、主成分分析（Principal Component Analysis,PCA）以及连锁不平衡（Linkage Disequilibrium,LD）分析,结果显示HNAU-NAM1群体的亲本和所有株系都表现出了明显的差异,且内部群体结构微弱、LD衰减距离小,表明HNAU-NAM1群体可以用于LA、PH和EH三个性状的遗传解析;（2）在全基因组范围内:借助SLM定位方法,共鉴定到41、31和26个分别控制LA、PH和EH的QTLs;基于JLM定位方法,共鉴定到84、78和88个分别控制LA、PH和EH的QTLs;通过GWAS定位方法,共鉴定到22、23和18个分别与LA、PH和EH显着关联的SNPs;此外,每个株型性状的三种定位结果间都存在部分重叠;（3）全基因组上共鉴定到10个可同时影响LA、PH和EH的QTL热点区域,且每个区域内控制某一个株型性状的QTLs可至少被两种定位方法检测到;（4）13个可同时被三种定位方法检测到的主效QTLs区间内,结合每种方法的定位区间及区间内基因功能注释,预测了潜在的候选基因:含4个已知功能的基因,和8个新基因。本研究对玉米HNAU-NAM1群体的群体结构及LD水平等遗传特性进行了深入评估,并全面解析了控制玉米株型性状的遗传基础,这不仅为玉米遗传学及功能基因组学研究提供了新的群体资源,而且加深了我们对株型复杂调控网络的认识,为后期玉米理想株型的培育及高产、耐密植新品种的分子选育奠定了理论基础。
赵海涵[5]（2021）在《协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析》文中进行了进一步梳理水稻是世界上最重要的粮食作物,保证其生产安全对国家和农民都至关重要。由稻黄单孢菌水稻致病变种（Xanthomonas oryzae pv.Oryzae,Xoo）引起的白叶枯病是水稻生产中最重要的细菌性病害,挖掘新的白叶枯病抗性基因资源并培育抗病品种是控制该病害的最有效方法。水稻白叶枯病是一个复杂的数量性状,其遗传变异位点受到了遗传标记、遗传群体类型或环境等的影响。结合多种遗传群体,全基因组关联分析的分析模型可以解析水稻复杂农艺性状的遗传背景。本研究中协优9308衍生的139个重组自交系（recombinant inberd lines,RILs）群体来自原始亲本协青早B和中恢9308杂交组合并通过单粒传法连续13代自交获得。协优9308的F2群体在浙江省鉴定白叶枯病抗性表现为数量性状,亲本协青早B和中恢9308经接种后分别表现为高感和高抗白叶枯病。由此利用极端感、抗表型双亲构建群体作为遗传材料,人工接种4种白叶枯菌获得的叶片病斑长度作为连续型表型,结合经DNA深度测序获得的476,505个单核苷酸（single nucleotide polymorphism,SNPs）标记,利用EMMAX的混合线性模型（mix-linear model,MLM）进行全基因组关联分析（genome-wide associated study,GWAS）,结果如下:1.在p<1×10-4水平下,4个菌株处理后共鉴定到109个与白叶枯抗性显着关联的SNPs位点,解释表型变异率59.78%～63.29%。参照日本晴基因组注释信息共得到87个基因。这些显着位点分布在水稻12条染色体上和第6和12条染色体上出现了显着峰值。其中CR4接种发现了25个SNPs位点其贡献率为61.00%。在这些SNPs位点附近共筛选到19个基因,其中有两个NBS-LRR抗病相关基因LOC＿Os11g43420和LOC＿Os11g45930。2.对关联到的高峰SNPs位点的上下游连锁不平衡衰减区间的基因进行功能预测并结合表达分析,验证发现两个基因LOC＿Os11g43420、LOC＿Os11g45930的表达量在抗性亲本中恢9308分别为感病母本协青早B的4.42倍和8.86倍。进化树分析发现该两个候选基因与已克隆的抗性基因位于不同的亚组,表明该候选基因是新基因且在正调控白叶枯病抗性机制中发挥重要作用。3.协优9308群体的产量相关农艺性状与白叶枯病抗性的相关性分析发现,水稻白叶枯病病斑长度与有效穗数、结实率与千粒重等农艺性状存在相关性。其中病斑长度与空粒数、粒数和有效穗数成显着正相关,相关系数分别为0.30（p≤0.01）、0.20（p≤0.01）和0.15（p≤0.01）,说明白叶枯病可显着影响有效穗数、实粒数和结实率从而间接影响水稻产量。水稻产量与粒数成极显着正相关,相关系数为0.90（p≤0.001）;与有效穗数、结实率和千粒重成显着正相关,相关系数分别为0.40（p≤0.01）、0.39（p≤0.01）和0.30（p≤0.01）。
白紫彤[6]（2021）在《SDC3基因对牛脂肪代谢的调控作用及其启动子区在中国西门塔尔牛单核苷酸多态性分析》文中研究表明养牛业是我国现代农业生产体系的重要组成部分。作为肉牛研究领域重要经济性状,脂肪代谢对牛肉品质具有重要的决定作用。肌内脂肪沉积能力强、产肉性能好等重要性状的选择,对牛肉品质的提高具有至关重要的作用。目前,有关肉牛脂肪代谢的调控机制研究一直是肉牛遗传育种领域的研究热点和难点;获得基因功能明确,分子机制清楚,且具有自主知识产权的新功能基因对我国肉牛品种改良具有重要意义和应用价值。Syndecan-3（SDC3）基因是SDCs中的一个调节因子。其作为一种新型的摄食行为和体重调节因子,在调节能量平衡方面发挥着至关重要的作用。该基因在控制能量平衡的下丘脑区域表达并参与摄食行为的调节,同时该基因还参与调节黑皮质素系统的活性,有效地调节能量摄入,能量消耗和外周葡萄糖代谢。基于其在能量代谢上的重要作用,推测该基因可能对牛脂肪代谢具有重要的调控作用。根据本实验室前期对日本和牛与草原红牛背最长肌转录组测序分析,显示SDC3基因在日本和牛中的表达水平高于草原红牛,其在脂肪性状差异显着的牛品种中的差异表达暗示该基因可能对脂代谢有重要作用,因此我们将该基因作为牛肉质性状候选功能基因进行进一步验证。本论文分别从细胞水平、活体水平及群体水平对SDC3基因在脂代谢方面的影响进行了研究,获得如下研究结果:1、在细胞水平上通过构建使用过表达载体p BI-CMV3-SDC3及si RNA来改变细胞内SDC3的表达水平,经过对牛胎儿成纤维细胞及脂肪细胞内甘油三酯、胆固醇、脂肪酸、脂滴及相关脂代谢基因表达水平的检测,发现SDC3基因可以正向调控细胞内甘油三酯、胆固醇的含量,促进脂滴的形成,同时可改变细胞内部分脂肪酸的构成。2、在活体水平上,采用CRISPR/Cas9技术构建SDC3基因敲除的C57BL/6N小鼠模型,通过对SDC3基因敲除小鼠生长曲线的记录、组织学形态观察及血清学指标检测,发现SDC3基因敲除小鼠可显着降低雄性小鼠体重（p<0.05）,减小脂肪细胞大小,显着降低脂肪组织内甘油三酯及胆固醇含量（p<0.05）,显着降低血液中甘油三酯、胆固醇、葡萄糖含量（p<0.05）,增加高密度脂蛋白含量。3、在群体水平上,以135头西门塔尔牛相关性状数据作为研究对象,筛选出SDC3基因启动子区拥有10个单核苷酸多态性（SNPs）位点,其中g.123236647C>G、g.123236666C>G位点均与中国西门塔尔牛大理石花纹等级具有显着相关性（p<0.05）,g.123236666C>G与中国西门塔尔牛脂肪覆盖率及脂肪颜色具有显着相关性（p<0.05）。通过连锁分析及单倍型分析后,在其形成的基因型中,H2H2与中国西门塔尔牛大理石花纹、脂肪颜色显着相关（p<0.05）。H2H4与脂肪覆盖率显着相关（p<0.05）。H2H5与肉色显着相关（p<0.05）。这些结果表明这些突变位点可以作为遗传标记用于肉牛育种计划中的标记辅助选择。本试验通过对SDC3基因细胞水平、活体水平和群体水平脂肪代谢相关指标的检测,旨在从分子遗传学角度深入探讨候选基因与脂代谢的关系,解析SDC3基因对脂代谢的调节作用,揭示SDC3基因对牛脂代谢调控的分子机制,为SDC3基因在脂肪性状育种中的应用提供分子依据,并为其他重要性状功能基因的研究及在分子育种中的应用提供借鉴。
孙坤[7]（2021）在《凡纳滨对虾重要经济性状的遗传评估及全基因组关联分析》文中进行了进一步梳理凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）是世界范围内重要的海水养殖种类之一,其养殖产量占对虾海水养殖产量的80%以上,对其进行遗传改良是凡纳滨对虾产业发展的必然要求。自从20世纪末引入我国,经过近30多年的选育与改良,凡纳滨对虾在生长、繁殖、存活和抗性等多个经济性状上的选育已经取得阶段性的进展。然而,利用传统选择方法进行选育可能存在着选择准确性低,且育种周期长、费用高等问题。因此,采用新的方法和技术手段来准确衡量遗传参数,进而合理制定育种方案和育种目标,对于缩短选育周期、降低育种成本、提高选择准确性具有重要意义。本文分别基于微卫星分子标记和重测序SNPs对凡纳滨对虾重要经济性状的遗传参数进行评估,并采用全基因组关联分析的方法对重要经济性状进行关联分析,进一步从分子角度解析重要经济性状的遗传机制,以期为凡纳滨对虾的遗传改良提供重要技术支撑。本研究取得的主要结果如下:1.基于微卫星标记评估凡纳滨对虾重要经济性状的遗传参数利用8个微卫星位点对凡纳滨对虾69个家系的母本和子代进行基因分型,并利用分型信息进行系谱重构和分子亲缘关系相关度的计算,以重构系谱、分子亲缘关系度以及物理系谱分别构建加性遗传相关矩阵,进而对体长、体重和抗WSSV性状的遗传参数进行评估。最终通过交叉验证的方法,比较三者对遗传参数评估的预测能力以及准确性。分型结果显示,8个微卫星位点,共检测到166个等位基因,各位点等位基因数为12～45个,亲本和子代群体每个位点平均等位基因数目分别为9.50个和18.13个,平均观测杂合度分别为0.618和0.709,平均期望杂合度分别为0.749和0.775,平均多态信息含量分别为0.711和0.750,所有位点均表现高度多态性。遗传力分析结果显示,利用物理系谱、重构系谱以及分子亲缘相关度对体长的遗传力估计值分别为0.119±0.031、0.120±0.032、0.132±0.030,对体重的遗传力估计值分别为0.176±0.039、0.182±0.040、0.172±0.034,对抗WSSV性状的遗传力估计值分别为0.135±0.033、0.134±0.033、0.098±0.031,在体长、体重以及抗WSSV性状的遗传力中,以分子亲缘相关度评估的标准差小于重构系谱和物理系谱。通过交叉验证,三者对遗传参数评估的预测能力以及准确性从高到低分别为分子亲缘相关度、重构系谱、物理系谱。结果显示,利用微卫星分子标记评估凡纳滨对虾体长、体重以及抗WSSV性状遗传参数比利用物理系谱评估具有更高的准确性,但同样利用微卫星分子标记进行遗传评估,直接利用子代的亲缘相关度比重构系谱具有更好的效果。本研究为凡纳滨对虾利用分子标记进行遗传参数的评估提供了更为精确的方法,为进一步良种选育提供了参考资料。2.基于重测序SNPs评估凡纳滨对虾重要经济性状的遗传参数通过生长测试和人工感染WSSV测试,采集到体重、全长、体长、尾长和感染后存活时间5个性状表型值,通过全基因组重测序的方式,获得其中300尾个体基因型数据,结合表型值和基因型数据,分别建立p BLUP、GBLUP和ss GBLUP模型,对比分析不同方法对抗WSSV性状和生长性状遗传参数评估的影响。结果显示,与p BLUP模型相比,GBLUP模型对体重、全长、体长、尾长和感染后存活时间的预测准确性分别提高了4.77%、21.93%、19.73%、19.34%、63.44%,ss GBLUP模型的预测准确性则分别提高了10.07%、25.44%、25.72%、19.34%、122.58%,其中,抗WSSV性状在GBLUP和ss GBLUP方法中提高幅度最大,体尺性状如全长、体长和尾长性状其次,体重性状提升幅度最小,并且基于ss GBLUP模型的预测准确性均高于GBLUP模型。遗传相关和表型相关结果显示,模型对于遗传相关和表型相关的评估影响较小,不同模型评估的生长性状遗传相关为0.767～0.999,表型相关为0.548～0.991,为中高度正相关,生长和抗WSSV性状之间的遗传相关为（-0.198）～（-0.019）,表型相关为（-0.443）～（-0.115）,均为中低度负相关。综上所述,相比于传统的p BLUP模型,GBLUP模型和ss GBLUP模型均能提高凡纳滨对虾生长性状和抗WSSV性状遗传参数的预测准确性,降低预测偏差,其中ss GBLUP模型预测准确性更高,偏差更低。本文为凡纳滨对虾生长性状和抗WSSV性状的遗传参数评估提供了新的方法和思路,为进一步制定育种方案,培育新品种提供了实验基础。3.基于重测序对凡纳滨对虾重要经济性状进行全基因组关联分析利用全基因组重测序数据和体重、全长、体长、尾长以及抗WSSV性状表型值,结合GBLUP和ss GBLUP模型,对比分析在全基因组关联分析模型中加入显着性固定效应因子和H矩阵对关联分析的影响,并采用多性状混合线性模型对生长性状以及生长和抗WSSV性状进行关联分析,通过分析显着位点的分布、表型变异解释率以及相关基因的功能,进一步探讨生长性状之间以及生长和抗WSSV性状之间的相关性。不同模型评估结果显示,当在模型中分别加入显着性固定效应因子（模型II）和H矩阵（模型III）时,评估所得似然值对数、AIC值、BIC值,关联所得位点数目及P值均优于原始模型（模型I）。当分别以-log（）>7和8作为生生长性状和抗WSSV性状的显着性标准,生长性状共筛选到175个显着性位点,注释到156个基因,对表型变异的解释率在24.79%～54.43%;抗WSSV性状共筛选到90个显着性位点,注释到49个相关基因,对表型变异的解释率在56.20%～56.63%,表明生长性状和抗WSSV性状均由微效多基因控制。基因功能注释及多性状联合分析结果显示,生长性状相关基因表达产物为细胞核的重要组成,主要参与细胞分裂、蛋白结合等过程;而抗WSSV性状基因表达产物为细胞质线粒体的重要组成,主要参与糖酵解、糖异生等过程。生长性状和抗WSSV性状遗传相关在-0.003到-0.002之间,并且多性状联合分析显示,极显着位点在抗WSSV性状中的SNP效应均值为正,而体重、全长性状为负,结果表明生长性状和抗WSSV性状之间可能存在弱负相关或不相关。本文基于全基因组关联分析的方法,深入分析了生长和抗WSSV性状的遗传机制和相互关系,对指导育种中的多性状协同改良具有重要价值,为进一步培育新品种奠定了实验基础。
张章[8]（2021）在《基于核酸链置换反应的核酸生物传感检测方法研究》文中研究说明链置换反应（SDR）一般由三支或四支分支迁移构成,最初的发现证实与细胞内基因重组有关。Toehold位点的结合和入侵可以启动分支迁移过程,通过改变toehold的长度,SDR速率可以在6个数量级内进行改变。SDR自被提出以后广泛用于DNA纳米技术、逻辑运算、生物传感器等领域。与其他杂交探针相比（如分子信标、taqman探针等）,链置换反应操作灵活更易设计,可以为核酸、小分子提供灵敏和特异的检测工具。本文就链置换反应在miRNA、适配体、多重PCR以及单核苷酸多态性（SNPs）上面的应用展开研究,具体研究工作分为以下几个部分。1链置换核酸等温扩增技术和双信号荧光传感策略在凝血酶检测中的应用研究本部分内容结合靶诱导SDR和非酶催化的DNA纳米机器构建了新型双信号凝血酶荧光传感器。具体而言,适配体与凝血酶的特异性结合诱导了催化链的释放,释放的催化链可以用来触发DNA机器;随后,催化链通过核酸杂交和自发分支迁移机制诱发三链DNA底物的解链与杂交循环反应,催化链的循环反应导致FAM荧光被淬灭而ROX荧光被激发。FAM和ROX的荧光信号变化在1 fM～1 nM范围内与凝血酶浓度呈良好的线性关系。由于催化链的循环利用和双信号检测模式,凝血酶的检测限低至0.45 fM（S/N=3）。该生物传感器对凝血酶具有良好的选择性,不受血清前蛋白、溶菌酶等蛋白的干扰并可用于稀释血清中凝血酶的测定。2基于熵驱动链置换循环反应和分子信标介导的等温链置换聚合反应放大策略检测miRNA的研究核酸等温扩增技术与传统的扩增技术如PCR相比,不需要繁琐的热循环和复杂的序列设计,在生物分析中受到越来越多的重视。本部分工作提出了一种基于toehold介导的SDR循环和分子信标介导的等温链置换聚合反应的超灵敏电化学miRNA生物传感器。在熵驱动链置换循环反应中,级联SDR诱导靶分子let 7a的循环,生成大量的输出链。输出链识别并打开固定在金电极上的发夹捕获探针,从而改变电化学活性分子亚甲蓝与电极表面之间的距离,产生电化学信号的变化。引物介导的链置换聚合反应进一步置换大量的输出链,这些输出链又可以和电极上的捕获探针杂交,从而导致信号的进一步减少。本部分所构建的传感器可以实现10 a M～100 p M浓度范围内let 7a的准确灵敏检测。我们所构建的传感器成本低、序列设计灵活且操作简单,可以为miRNAs研究以及疾病的早期诊断提供一个有潜力的工具。3链置换双链引物探针在多重实时荧光PCR中的应用多重PCR在单个PCR反应管中同时进行多个反应,从而一次性扩增多个靶基因,节省了大量的时间和经费,具有巨大的时效性和经济性。多重PCR的引物设计需要满足单重PCR引物的约束条件,亦要考虑引物之间的相互干扰,让退火温度同时适合多个引物与模板的结合。多重PCR的构建需要解决以下挑战:引物二聚体、引物发夹结构、引物脱靶效应和兼容多对引物的退火温度。SDR利用双链探针与靶基因结合的热力学特性来实现靶基因的特异性检测,自提出以来受到了学界的广泛关注。本部分构建了双链引物介导的SDR来检测SARS-COV-2的ORF、N、E基因。具体而言,双链引物一条5’修饰荧光团不影响聚合酶的延伸,而另外一条3’修饰猝灭团则不能延伸。在退火温度下,荧光团链结合模板并延伸从而导致荧光信号释放,通过荧光的积累对靶标进行定量分析。我们构建的双链引物探针退火温度兼容性好,3对引物与探针的有良好的兼容性。我们构建的多重荧光定量PCR体系对SARS-COV-2ORF、N、E基因的检测限为400 copies/m L,检测时间约为2小时。多重双链引物探针方法设计简单、体系兼容性好,有望应用于多重PCR和SNPs检测等领域。4 UDG介导PCR、SDR和多色磁性编码技术在G6PD基因分型中的应用研究SNPs的检测在精准医疗中具有重要价值。目前临床样本SNPs快速检测存在三个关键问题:难以提取具杂交活性的高拷贝单链靶基因;受核酸化学合成技术限制,无法准确高效合成与靶基因长度相匹配的检测探针;核酸杂交反应不严格遵循碱基互补配对规则,不能保证核酸杂交特异性。针对上述问题,我们创新性地耦合磁性纳米富集和不对称PCR技术,建立临床样本中单链靶基因的提取方法;利用尿嘧啶DNA糖基化酶（UDG）介导PCR技术合成检测探针;探索长链核酸SDR的动力学特征,提高其检测性能。本部分成功建立了一种简便高效的单链靶基因提取方法,实现具有杂交活性的长链靶基因在临床标本中的直接获取。并基于UDG介导的PCR技术合成具有杂交活性的长链检测探针。通过整合磁性纳米富集技术和SDR,构建了能够准确快速检测SNPs的生物传感器。通过对G6PD缺乏症患者临床标本进行检测（c.1376G>T和c.1388G>A两个位点）,初步探索了检测平台在临床中的应用。
刘晶菊[9]（2021）在《基于免标记葡萄糖氧化酶的核酸选择性信号放大器的构建及其传感应用》文中进行了进一步梳理在医疗与健康、军事、食品安全控制和环境监测等领域,对核酸和相关分析物精准检测的需求日益增加。电化学核酸传感器具有操作简单、快速、灵敏和低成本等优点,已被广泛应用于生物化学分析。在实际检测中,经常遇到分析物浓度低,并与较多和复杂的其他物质相混合的情况,因此对分析物信号的选择性放大是提高电化学核酸传感器性能的重要方法之一。在过去数十年里,高效核酸选择性信号放大器的设计与开发对于构建超灵敏电化学核酸传感器具有重要意义。在均相溶液中,由于静电作用、空间位阻和亲/疏水性等因素,氧化还原酶与不同氧化还原媒介体之间的媒介电子转移行为不同。受此启发,本论文提出了基于免标记葡萄糖氧化酶（GOD）的核酸选择性信号放大器的概念,该选择性信号放大器对二茂铁（Fc）修饰不同特定结构DNAs（Fc-DNAs）有独特的选择性信号放大作用。利用电化学实验、数字仿真模拟和光谱表征等方法从概念验证、量化评估、原理分析、意义探究和应用考察等方面系统的研究了该选择性信号放大作用。简要地讲,GOD与不同特定结构Fc-DNAs之间特异性相互作用引起的选择性信号放大作用可以用它们之间的均相反应速率常数（ks）量化评估,该选择性信号放大作用有利于提高对探针信号的区分。基于此,利用该核酸选择性信号放大器,开发了一系列新颖、简单且灵敏的自供能核酸传感器。鉴于目前大多数核酸信号放大策略的选择性在很大程度上依赖于核酸杂交反应的特异性,基于免标记GOD的核酸选择性信号放大器的开发为核酸传感器的构建提供了新思路。具体研究内容如下:（1）均相溶液中GOD与Fc修饰不同长度单链DNAs（Fc-ss DNAs）之间特定相互作用可能引起不同的媒介电子转移行为,在这种原理下,构建了一种对不同长度Fc-ss DNAs有选择性信号放大作用的基于免标记GOD的核酸选择性信号放大器。利用电化学实验和数字仿真模拟的方法系统的研究了该选择性信号放大作用。此外,该选择性信号放大作用在核酸传感应用方面展现出简单、通用的优点。作为例子,基于该核酸选择性信号放大器开发了一个灵敏、通用的自供能核酸传感平台,实现了对不同种类分析物的高灵敏自供能检测,包括传染性病毒核酸片段、常见能量小分子和剧毒重金属离子。鉴于该核酸选择性信号放大器的易于实现和潜在可推广性,其有望作为一种广泛使用的核酸选择性信号放大器用于电化学核酸传感。（2）基于对均相溶液中GOD和Fc修饰不同长度双链DNAs（Fc-dsDNAs）之间特定相互作用可能引起不同媒介电子转移行为的合理推测,构建了一种对不同长度Fc-dsDNAs有选择性信号放大作用的基于免标记GOD的核酸选择性信号放大器并探究了其在疾病相关核酸片段和小分子检测中的应用。通过电化学实验、数字仿真模拟和光谱表征对该选择性信号放大作用进行系统研究后,将该选择性信号放大器与不同核酸反应策略结合构建自供能核酸传感器,分别实现了对B型RAF激酶（BRAF）基因片段和三磷酸腺苷（ATP）的自供能检测。此外,还可用于人血清中目标分析物的检测。考虑到该核酸选择性信号放大器应用于不同核酸反应策略的灵活性、简单性,其在电化学核酸传感平台的设计中具有广阔的应用前景。（3）基于对GOD与Fc修饰不同结构DNAs探针（Fc-DNAs）之间选择性信号放大作用的研究,开发了一种基于免标记GOD的核酸选择性信号放大器并探究其在单核苷酸多态性（SNPs）检测中的应用。选取四种不同结构的Fc-dsDNAs作为研究模型对该选择性信号放大作用进行系统研究后,将构建的核酸选择性信号放大器分别与直接杂交策略和链取代反应（SDR）结合,开发了新颖、简单的自供能核酸传感器并对比它们检测突变基因的能力。其中,构建的GOD-SDR体系更好地实现了对常见黑色素瘤相关SNP等位基因（BRAF的V600E突变,即BRAF V600E）的高灵敏高选择性自供能检测,检测限为38 f M。同时,还可以对缓冲液和人血清中环介导等温扩增（LAMP）反应产物进行检测。鉴于该核酸选择性信号放大器在提高信号区分方面的作用,这为疾病诊断提供了一个很有前景的方案。（4）基于上述工作,利用电化学实验、数字仿真模拟及光谱表征进一步深入研究了均相溶液中GOD与Fc修饰不同单碱基错配等位基因双链DNAs（Fc-dsDNAs）之间特定相互作用带来的选择性信号放大作用。由此,构建了一种基于免标记GOD的核酸选择性信号放大器并验证了其在自供能基因分型方面的潜在应用。这为设计新颖、简单的基因分型传感器开拓新方向。
杨芳[10]（2021）在《新型纳米发光体结合目标物转换策略构建高效电化学发光生物传感器》文中研究指明生物分子（包括核酸、蛋白质、小分子以及离子）在复杂的生命活动中起着至关重要的作用。高效,准确地获取这些生物分子的信息对生物医学,临床诊断和治疗具有重大意义。电化学发光生物传感器（Electrochemiluminescencebiosensor,简称ECL biosensor）在具备电化学分析技术高灵敏度的同时结合了生物传感器的高特异性,为生物分子的高效灵敏检测开辟了一条新的途径。然而,随着科学技术的飞速革新和发展以及科研工作者们对生物研究的不断深入,人们对ECL生物传感器的分析性能提出了更高的要求。为此,在本论文中,我们通过两种途径（1）合成性能优异的纳米发光体;（2）设计高效的目标物转换策略构建了一系列高灵敏、高特异性的电化学发光生物传感器并应用于生物分子的定量分析。主要研究工作如下:（1）银-鲁米诺衍生物修饰的V2O5纳米球作为信号探针结合无酶催化发夹自组装策略构建电化学发光适体传感器经典的鲁米诺及其衍生物ECL体系需要加入高浓度共反应试剂H2O2以实现强的ECL响应。但是,高浓度H2O2会损害生物分子,不利于该体系的生物应用。本工作合成了具有良好稳定性和大比表面积的V2O5纳米球（NPs）,通过静电吸附作用,大量带负电的N-（4-氨基丁基）-N-（乙基异鲁米诺）（ABEI）还原的银纳米颗粒（Ag-ABEI）包裹在其表面形成Ag-ABEI@V2O5复合材料。同时,具有高效模拟过氧化物酶性能的V2O5 NPs可以催化H2O2使其分解产生强氧化性的超氧阴离子（O2·-）。通过这种方式,在低浓度H2O2的条件下,显着提高了 ABEI-H2O2体系的ECL响应。进一步,结合黏蛋白1（MUC1）-适体复合物触发的CHA作为目标物转换策略实现了目标物MUC1的循环放大,提高了适体传感器的灵敏度。V2O5 NPs的制备和应用实现了 ABEI-H2O2体系ECL信号的显着提升,扩宽了鲁米诺及其衍生物ECL体系的生物分析应用。所构建的传感器检测范围为10 fg/mL～10 ng/mL,检测限为3.3 fg/mL。（2）高效自增强金纳米簇发光体结合多位点锚定DNA步行器构建超灵敏电化学发光适体传感器金纳米团簇（Au NCs）是一种在生物分析中被广泛探索的ECL纳米材料。然而,Au NCs低的ECL效率阻碍其更好的应用于生物分析。本工作合成了无外加共反应试剂的自增强型Au NCs纳米发光体。通过在Au NCs表面交联N,N-二异丙基乙二胺（DPEA）共反应试剂制备了自增强Au-DPEANCs,以显着提高Au NCs的ECL效率。同时,开发了一种高效的多位点锚定DNA步行器（walker）,与定向DNA walker相比,该walker具有多向运动轨迹和快速释放有效载荷的特点,可以将黏蛋白1（MUC1）转化为大量中间DNA,实现目标物的信号放大。基于以上优点,以Au-DPEANCs为高效的ECL纳米材料并结合多位点锚定的DNA walker为信号放大策略,构建了检测范围为1 fg/mL～1 ng/mL的ECL适体传感器,其检测限为0.54 fg/mL。结果表明,自增强型ECL纳米材料为临床和生物应用开发高效的Au NCs纳米发光体开辟了新的方向。（3）三维基质排列的金银合金纳米簇发光体结合点击化学驱动的信号开关构建电化学发光生物传感器具有出色的光学和电子特性的双金属纳米簇（NCs）是一类在生物学,传感和催化等许多领域具有应用前景的纳米材料。但是,将NCs分散在溶液中或直接将它们修饰在传感界面上会不可避免地产生过量发光体或内滤效应,从而阻碍了它们的进一步应用。鉴于此,本工作在电极表面上构建具有空腔结构和有序结合位点的富含炔烃的三维基质（C≡C-3DM）,以限域排列大量的AuAg NCs纳米发光体,减小其因团聚而引起的内滤效应,显着提高其ECL效率。同时,基于谷胱甘肽（GSH）与Cu（Ⅱ）之间的氧化还原反应,将目标GSH转换成GSH-Cu（Ⅰ）配合物,从而诱导点击化学反应发生,使大量的N3-AuAg NCs结合到3D基质上,产生ECL响应,实现目标物的灵敏检测。最后,通过使用3D基质排列的AuAg NCs作为ECL纳米材料和GSH诱导的点击化学作为信号开关,构建了检测范围为5μmol/L～200 μmol/L,检测限为0.90μmol/L的GSH生物传感器。总的来说,这项工作通过物质之间的化学反应实现了非核酸目标物的转换,为非核酸目标物的快速、高效和灵敏检测提供了新的思路。（4）苝修饰的银微米花发光体结合高效DNA放大器构建电化学发光DNA生物传感器DNA放大器以其高度的可编程性和精确的分子识别能力成为目标物扩增的通用平台。然而,在大多数DNA放大器中,随机扩散的捕获探针（CPs）限制了目标物的有效反应,影响扩增效率。因此,本工作通过在Au纳米颗粒修饰的磁珠（Au@MBs）上固载由回文尾端和目标识别序列组成的CPs,开发了一种高效的DNA放大器。在目标K-ras基因存在的情况下,DNA放大器高效识别目标并诱导目标物级联转换,不断产生丰富的模拟目标物（MTs）,从而实现目标物的灵敏检测。同时,基于苝阳离子自由基（Pe·+）与Ag原子之间的反应,一层薄的Pe分子修饰在Ag微米花的表面上得到了一种新型的自促进ECL发光体（Pe@Ag MFs）。最后,将自促进ECL发光体与DNA放大器结合构建了一种用于灵敏检测基因的生物传感器,其检测范围为0.05 pmol/L～10nmol/L,检测限为5.1 fmol/L。总的来说,DNA放大器的开发实现了目标物的级联转换,为痕量目标物的检测铺平了道路。（5）蒽-葫芦脲超分子纳米发光体结合界面限域型DNA步行器构建电化学发光DNA生物传感器多环芳烃类（PAHs）有机发光体因其良好的光化学稳定性以及优异的光电性质,在ECL领域被广泛探究。然而,具有共平面结构的PAHs因其固有的聚集猝灭效应（ACQ）表现出低的发光效率,阻碍其进一步的发展应用。在本工作中,利用葫芦脲[7]（CB[7]）作为主体,以蒽有机发光分子为客体,基于它们之间的主客体识别作用,在水相中一步合成了蒽-葫芦脲超分子纳米球（Ant SNPs）,表现出强的ECL响应。同时,成功地组装了一种新颖的界面限域型DNA步行器（IC DNA walker）。其walker链与轨道链共定位于四边形核酸框架中以形成一个反应单元,反应速率是传统DNA walker的3.6倍,能够实现高效的信号放大。最后,通过结合高效的Ant SNPs和IC DNA walker构建了一种用于灵敏检测miRNA-21的DNA生物传感器。其检测范围为50 amol/L～50pmol/L,检测限为11 amol/L。总的来说,这项工作巧妙地利用主客体识别作用打破了共平面PAHs类纳米材料发光效率低的局限,为高效PAHs发光体的制备提供了新的思路。
二、新型的分子标记——SNPs（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、新型的分子标记——SNPs（论文提纲范文）
（1）GWAS、CNV及ROH挖掘宁夏地区荷斯坦奶牛重要性状候选基因的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 奶牛遗传评估研究进展 |
| 1.1.1 奶牛的表型性状 |
| 1.1.2 选育方法和遗传评估模型 |
| 1.1.3 综合选择指数和多国联合评估 |
| 1.2 全基因组关联分析研究进展 |
| 1.2.1 基因分型技术 |
| 1.2.2 基于SNPs的GWAS分析策略 |
| 1.2.3 常用的GWAS分析方法 |
| 1.3 基因组拷贝数变异研究进展 |
| 1.3.1 拷贝数变异定义 |
| 1.3.2 拷贝数变异对基因功能的影响 |
| 1.3.3 拷贝数变异的检测方法 |
| 1.3.4 人类复杂疾病拷贝数变异 |
| 1.3.5 牛基因组拷贝数变异 |
| 1.4 基因组杂合性缺失研究进展 |
| 1.4.1 杂合性缺失定义 |
| 1.4.2 杂合性缺失的研究意义 |
| 1.4.3 牛基因组ROH的研究进展 |
| 1.5 研究的目的与意义 |
| 第二章 荷斯坦奶牛产奶性状和SCS遗传评估 |
| 引言 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 表型记录 |
| 2.1.2 数据处理 |
| 2.1.3 固定效应方差分析 |
| 2.1.4 遗传评估模型 |
| 2.1.5 方差组分和遗传力估计 |
| 2.1.6 个体育种值估计 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 产奶性状和SCS描述性统计量 |
| 2.2.2 非遗传因素分析 |
| 2.2.3 各性状遗传参数估计 |
| 2.2.4 表型值和育种值分布及其相关性 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 各性状表型值分析 |
| 2.3.2 泌乳曲线及表型相关 |
| 2.3.3 各性状遗传参数估计 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 荷斯坦奶牛产奶性状和SCS全基因组关联分析 |
| 引言 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 表型数据 |
| 3.1.2 基因型数据 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 基因型数据质控 |
| 3.2.2 主成分分析 |
| 3.2.3 关联分析 |
| 3.2.4 候选基因功能注释及通路分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 SNPs标记信息 |
| 3.3.2 群体结构 |
| 3.3.3 GWAS分析结果 |
| 3.3.4 多效性基因组窗口的筛选 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 群体结构 |
| 3.4.2 产奶性状GWAS分析结果 |
| 3.4.3 多效性QTLs的筛选 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 荷斯坦奶牛基因组拷贝数变异分析 |
| 引言 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 试验群体和表型数据 |
| 4.1.2 基因型和信号强度文件 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 SNPs数质量控制 |
| 4.2.2 推断拷贝数变异 |
| 4.2.3 比较CNV,构建基因组CNVRs及可视化 |
| 4.2.4 基于CNVRs的关联分析 |
| 4.2.5 CNV区域基因功能注释 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 SNPs和CNVs数据质控 |
| 4.3.2 ARS-UCD1.2和UMD3.1基因组版本中的拷贝数变异 |
| 4.3.3 ARS-UCD1.2和UMD3.1基因组版本中的拷贝数变异区域 |
| 4.3.4 产奶性状与CNVRs的关联分析 |
| 4.3.5 显着CNV区域重叠的QTLs |
| 4.3.6 显着CNV区域的基因功能注释 |
| 4.3.7 CNV区域重要基因的发现 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 SNPs标记信息 |
| 4.4.2 CNVs和CNVRs结果比较 |
| 4.4.3 CNVRs与产奶性状的关联分析 |
| 4.4.4 显着基因的功能注释 |
| 4.4.5 高频CNVR区域的重要基因 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 荷斯坦奶牛基因组杂合性缺失研究 |
| 引言 |
| 5.1 研究方法 |
| 5.1.1 试验样本 |
| 5.1.2 检测ROH |
| 5.1.3 计算基因组近交系数(FROH) |
| 5.1.4 ROH区域统计分析及可视化 |
| 5.1.5 基因功能注释 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 常染色体上的SNP密度分布情况 |
| 5.2.2 ROH分布和近交系数 |
| 5.2.3 ROH总长占各染色体的比例 |
| 5.2.4 各牧场试验牛群基于ROH的近交程度 |
| 5.2.5 各长度分组下ROH的统计量 |
| 5.2.6 ROH窗口在各染色体上的频率分布 |
| 5.2.7 ROH可视化结果 |
| 5.2.8 高频ROH区域上基因的功能注释 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 检测和统计ROH |
| 5.3.2 基于ROH的近交系数 |
| 5.3.3 可视化ROH区域及精细定位 |
| 5.3.4 高频ROH区域的基因功能注释 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 结论与创新点 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 第七章 展望 |
| 7.1 论文不足之处 |
| 7.2 下一步计划 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（2）大豆对孢囊线虫Heterodera glycines的分子遗传抗性机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 大豆孢囊线虫病 |
| 1.1.1 大豆孢囊线虫病的特点及危害 |
| 1.1.2 大豆孢囊线虫病防治 |
| 1.2 大豆孢囊线虫的种群多样性及抗性资源 |
| 1.3 大豆孢囊线虫的遗传抗性及分子标记 |
| 1.4 抗大豆孢囊线虫基因rhg1和Rhg4 |
| 1.5 QTL定位的连锁分析与关联分析 |
| 1.5.1 遗传分离群体构建及连锁分析 |
| 1.5.2 关联分析 |
| 1.6 超亲遗传抗性 |
| 1.7 转录组测序技术 |
| 1.8 存在的问题及研究内容、目的与意义 |
| 第2章 SCN抗性筛选及rhg1和Rhg4位点的单倍型分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 线虫接种 |
| 2.1.3 大豆品种SCN抗性表型鉴定 |
| 2.1.4 抗病及感病大豆品种根部染色 |
| 2.1.5 DNA提取 |
| 2.1.6 标记分析、聚合酶链式反应及测序 |
| 2.1.7 RNA提取和实时荧光定量PCR |
| 2.1.8 基因组DNA的拷贝数变异检测 |
| 2.1.9 统计分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 大豆对SCN4号及5号生理小种的表型鉴定 |
| 2.2.2 抗病及感病大豆品种SCN发育形态的比较 |
| 2.2.3 GmSHMT08和GmSNAP18基因位点单倍型鉴定 |
| 2.2.4 利用DNA标记对大豆品种进行基因分型 |
| 2.2.5 rhg1位点的拷贝数变异 |
| 2.2.6 GmSNAP18和GmSHMT08基因的表达分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 利用Graded Pool-seq和靶向测序基因型检测技术定位大豆F_2群体对SCN的抗性QTL |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 线虫培养及F_2的表型鉴定 |
| 3.1.3 Graded Pool-seq测序 |
| 3.1.4 靶向测序基因型检测(GBTS) |
| 3.1.5 QTL定位 |
| 3.1.6 统计分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 F_2及其亲本对SCN4的表型鉴定 |
| 3.2.2 Gradseq Pool-seq测序 |
| 3.2.3 Graded Pool-seq关联分析 |
| 3.2.4 利用GBTS技术检测SNPs及其分析 |
| 3.2.5 通过非参数和MQM方法定位与SCN FI相关的SNPs |
| 3.2.6 Graded Pool-seq结合GBTS定位SNPs及基因预测 |
| 3.2.7 通过非参数和MQM方法分析与SCNCGR相关的SNPs的累加效应 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 利用感病亲本构建的染色体代换系群体定位SCN超亲抗性QTL |
| 4.1 植物材料 |
| 4.1.1 植物材料 |
| 4.1.2 线虫培养及CSSLs的表型鉴定 |
| 4.1.3 通过全基因组重新测序进行高通量基因分型 |
| 4.1.4 QTL定位 |
| 4.1.5 统计分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 CSSLs及其亲本对SCN的表型评估 |
| 4.2.2 单倍型模块的构建及QTL定位 |
| 4.2.3 根重与线虫繁殖相关的QTL定位 |
| 4.3 讨论 |
| 第5章 利用全长RNA-seq分析大豆与Heterodera glycines互作 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 植物材料、线虫培养及样品准备 |
| 5.1.2 RNA提取及全长转录组测序 |
| 5.1.3 实时定量PCR验证 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 大豆根部线虫发育形态 |
| 5.2.2 测序数据及其质量控制 |
| 5.2.3 转录本的去冗余及功能注释 |
| 5.2.4 与参考转录组序列比对 |
| 5.2.5 转录本及基因表达分布 |
| 5.2.6 lncRNA、可变剪接与转录因子统计 |
| 5.2.7 差异表达基因筛选 |
| 5.2.8 差异表达基因分析 |
| 5.3 讨论 |
| 第6章 结论与展望 |
| 6.1 研究结论 |
| 6.2 研究展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
（3）绵羊捻转血矛线虫耐药性调查及耐IVM候选基因的筛选与分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 内蒙古地区羊产业发展概况 |
| 1.2 捻转血矛线虫及捻转血矛线虫病概述 |
| 1.2.1 捻转血矛线虫分类地位 |
| 1.2.2 捻转血矛线虫生活史 |
| 1.2.3 捻转血矛线虫病及其危害 |
| 1.2.4 捻转血矛线虫病防控技术 |
| 1.3 常用驱捻转血矛线虫药物概述 |
| 1.3.1 伊维菌素(Ivermectin,IVM) |
| 1.3.2 阿苯达唑(Albendazole,ABZ) |
| 1.3.3 氯氰碘柳胺钠(Closantel Sodium) |
| 1.4 捻转血矛线虫对常用驱虫药物的耐药性研究 |
| 1.4.1 耐药性检测技术 |
| 1.4.2 捻转血矛线虫对伊维菌素的耐药性 |
| 1.4.3 捻转血矛线虫对阿苯达唑的耐药性 |
| 1.4.4 捻转血矛线虫耐驱虫药候选基因研究概述 |
| 1.5 2b-Rad技术及其应用 |
| 1.6 研究目的和意义 |
| 2 试验一绵羊捻转血矛线虫感染状况调查及对常用驱虫药的耐药性研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 不同饲养模式下的绵羊捻转血矛线虫感染情况比较 |
| 2.2.2 剖解羊只后胃肠道线虫成虫检测结果 |
| 2.2.3 所选驱虫药有效成分检测结果 |
| 2.2.4 用药后不同采样时间点对常用驱虫药物耐药性检测结果的影响 |
| 2.2.5 纯放牧模式下的羊捻转血矛线虫对常用驱虫药耐药性情况 |
| 2.2.6 半舍饲模式下的羊捻转血矛线虫对常用驱虫药耐药性情况 |
| 2.3 讨论与小结 |
| 3 试验二捻转血矛线虫国内株的分离鉴定及耐药相关基因分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 对伊维菌素耐药捻转血矛线虫虫株分离结果 |
| 3.2.2 对伊维菌素敏感捻转血矛线虫虫株分离结果 |
| 3.2.3 不同分离虫株耐伊维菌素特性检测结果及比较 |
| 3.2.4 不同分离虫株耐阿苯达唑特性检测结果及比较 |
| 3.2.5 不同分离虫株特异性引物鉴定结果 |
| 3.2.6 不同分离虫株Ⅰ型β微管蛋白基因特异性位点SNP分析结果 |
| 3.2.7 不同分离虫株Ⅰ型β微管蛋白基因型及其频率分析结果 |
| 3.2.8 伊维菌素刺激前后不同分离虫株P-gps基因表达分析结果 |
| 3.3 讨论与小结 |
| 4 试验三基于2b-Rad的捻转血矛线虫耐IVM候选新基因的筛选与分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 SNPs发掘及其分布特征结果分析 |
| 4.2.2 耐药与敏感虫株遗传多样性和种群分化结果分析 |
| 4.2.3 捻转血矛线虫耐伊维菌素相关候选基因筛选结果 |
| 4.2.4 HCOI00378500 基因测序及分析结果 |
| 4.2.5 HCOI00506600 基因测序及分析结果 |
| 4.2.6 HCOI01200700 基因测序及分析结果 |
| 4.3 讨论与小结 |
| 5 结论 |
| 6 本课题创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（4）AIO-seq高通量测序技术开发及玉米NAM群体遗传特性和株型性状QTL定位研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 AIO-seq高通量测序技术开发及应用 |
| 1.1 引言 |
| 1.1.1 测序技术发展概述 |
| 1.1.2 DNA超声波机械打断和生物酶切法在测序文库制备中的应用 |
| 1.1.3 Tn5 转座酶在测序文库制备中的应用 |
| 1.1.4 测序文库的分选和质控 |
| 1.1.5 本研究的目的与意义 |
| 1.2 材料与方法 |
| 1.2.1 实验材料及表型测定分析 |
| 1.2.2 AIO-seq测序文库制备 |
| 1.2.3 测序数据的分析流程 |
| 1.2.4 Bin map图谱构建及玉米株型性状QTL定位 |
| 1.3 结果与分析 |
| 1.3.1 AIO-seq测序技术构思 |
| 1.3.2 利用少量样本验证AIO-seq测序技术的可行性 |
| 1.3.3 利用多样本包Lane测序探索AIO-seq技术的可靠性及稳定性 |
| 1.3.4 运用AIO-seq测序技术获得样本间预期不等的数据产出 |
| 1.3.5 AIO-seq技术在RNA-seq测序文库制备中的运用 |
| 1.3.6 简化的AIO-seq测序技术在玉米BC_1F_4群体株型QTL定位研究中的运用 |
| 1.4 讨论 |
| 1.4.1 Tn5 转座酶在组学技术研究中的广泛应用 |
| 1.4.2 AIO-seq测序文库制备流程的改进 |
| 1.4.3 简化的AIO-seq测序技术在群体遗传学研究中的应用 |
| 1.4.4 后续工作展望 |
| 第二章 玉米NAM群体遗传特性和株型性状QTL定位研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.1.1 玉米生产和研究概况 |
| 2.1.2 常用分离群体类型及特点 |
| 2.1.3 连锁分析及关联分析定位 |
| 2.1.4 玉米株型相关性状QTL定位及基因克隆 |
| 2.1.5 本研究的目的与意义 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 亲本选取及HNAU-NAM1 群体构建 |
| 2.2.2 玉米HNAU-NAM1 群体株型性状考察及分析 |
| 2.2.3 HNAU-NAM1 群体基因型数据分析 |
| 2.2.4 HNAU-NAM1 群体遗传多样性及连锁不平衡分析 |
| 2.2.5 利用SLM分析方法进行株型性状QTL定位 |
| 2.2.6 利用JLM分析方法进行株型性状QTL定位 |
| 2.2.7 利用GWAS关联分析方法进行株型性状QTL定位 |
| 2.2.8 株型性状QTL热点区域分析 |
| 2.2.9 株型性状主效QTL定位区间内候选基因推断 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 HNAU-NAM1 群体特征分析 |
| 2.3.2 群体表型性状统计分析 |
| 2.3.3 亚群遗传连锁图谱构建 |
| 2.3.4 叶夹角性状遗传解析 |
| 2.3.5 株高性状遗传解析 |
| 2.3.6 穗位性状遗传解析 |
| 2.3.7 株型性状QTL定位热点区域分析 |
| 2.3.8 主效QTL区间内候选基因推断 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 HNAU-NAM1 群体特点 |
| 2.4.2 株型性状QTL定位方法及结果特征 |
| 2.4.3 株型性状候选基因 |
| 2.4.4 基因组de novo组装对基因克隆的影响 |
| 2.4.5 后续工作展望 |
| 第三章 全文总结 |
| 3.1 AIO-seq高通量测序技术开发和应用 |
| 3.2 玉米HNAU-NAM1 群体遗传特性和株型性状QTL定位研究 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（5）协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 水稻白叶枯病的发生及生理变化 |
| 1.2 水稻白叶枯抗性的分子调控机制 |
| 1.2.1 植物的先天免疫系统 |
| 1.2.2 水稻与病原物的互作关系 |
| 1.3 水稻白叶枯病主效抗性基因的克隆 |
| 1.4 NLRs抗病基因的结构和功能 |
| 1.5 目前已有的连锁和关联分析方法 |
| 1.5.1 连锁分析方法在水稻中的应用 |
| 1.5.2 全基因组关联分析研究现状 |
| 1.6 研究目的和意义 |
| 第二章 协优9308 重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 RILs 群体白叶枯病抗性鉴定及分析 |
| 2.1.3 基因分型和群体结构分析 |
| 2.1.4 连锁不平衡衰减分析 |
| 2.1.5 全基因组关联分析 |
| 2.1.6 注释基因检索 |
| 2.1.7 候选基因定量 PCR 及进化分析 |
| 2.1.8 重要农艺性状调查和相关性分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 白叶枯抗性的表型变异分析 |
| 2.2.2 基因型和主成分分析 |
| 2.2.3 水稻全基因组的连锁不平衡分析 |
| 2.2.4 水稻白叶枯病抗性基因的关联定位 |
| 2.2.5 候选抗病相关基因的表达分析和进化分析 |
| 2.2.6 水稻主要农艺性状间及与白叶枯抗性的相关性分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（6）SDC3基因对牛脂肪代谢的调控作用及其启动子区在中国西门塔尔牛单核苷酸多态性分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 英文缩写表 |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 脂代谢相关性状及基因研究进展 |
| 1.1 脂肪组织及脂肪代谢 |
| 1.2 脂肪代谢相关的重要功能基因 |
| 第二章 SDC3 基因的研究进展 |
| 2.1 SDC3 基因的结构及功能 |
| 2.1.1 SDC3 基因的结构 |
| 2.1.2 SDC3 基因功能 |
| 2.2 SDC3 基因的研究进展 |
| 2.2.1 SDC3 基因在脂代谢中的研究进展 |
| 2.2.2 SDC3 基因在模式动物中的研究进展 |
| 2.2.3 SDC3 基因的单核苷酸多态性研究进展 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 SDC3 基因在细胞水平上对脂代谢的影响 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 实验细胞样品 |
| 1.1.2 主要仪器设备 |
| 1.1.3 实验试剂配置及试剂盒 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 SDC3 基因过表达载体构建 |
| 1.2.2 干扰SDC3 基因si RNA筛选 |
| 1.2.3 牛胎儿成纤维细胞及前体脂肪细胞培养及转染 |
| 1.2.4 SDC3 基因表达水平检测 |
| 1.2.5 细胞内甘油三酯和胆固醇含量测定 |
| 1.2.6 细胞内脂肪酸含量测定 |
| 1.2.7 脂肪细胞内脂滴积累量检测 |
| 1.2.8 脂代谢相关基因表达水平检测 |
| 1.3 实验结果 |
| 1.3.1 SDC3 基因过表达载体构建及鉴定 |
| 1.3.2 SDC3 基因si RNA的筛查及验证 |
| 1.3.3 SDC3 基因在成纤维细胞及脂肪细胞m RNA及蛋白水平上的表达情况 |
| 1.3.4 SDC3 基因对细胞内甘油三酯及胆固醇含量的影响 |
| 1.3.5 SDC3 基因对成纤维细胞及脂肪细胞内脂肪酸的种类及含量的影响 |
| 1.3.6 SDC3 基因对脂肪细胞中脂滴形成的影响 |
| 1.3.7 SDC3 基因对脂代谢相关基因表达水平的影响 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 基于敲除小鼠模型的SDC3 基因对脂代谢的调控作用研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.2 主要仪器设备 |
| 2.1.3 实验试剂配置及试剂盒 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 SDC3 基因敲除小鼠制备 |
| 2.2.2 SDC3 基因敲除小鼠鉴定 |
| 2.2.3 SDC3 基因敲除小鼠各组织SDC3 基因表达水平检测 |
| 2.2.4 SDC3 基因敲除小鼠组织形态学检测 |
| 2.2.5 SDC3 基因敲除小鼠脂肪组织中甘油三酯及胆固醇含量测定 |
| 2.2.6 SDC3 基因敲除小鼠血清学检测 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 SDC3 基因敲除小鼠的基因型鉴定 |
| 2.3.2 SDC3 基因敲除小鼠在m RNA水平的检测 |
| 2.3.3 SDC3 基因敲除小鼠生长性状检测 |
| 2.3.4 SDC3 基因敲除小鼠组织形态学分析 |
| 2.3.5 SDC3 基因敲除小鼠脂肪组织中甘油三酯及胆固醇含量测定 |
| 2.3.6 SDC3 基因血清学相关指标检测 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 SDC3 基因遗传多态性与中国西门塔尔牛肉质和胴体性状的关联分析 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 实验样品 |
| 3.1.2 主要仪器设备 |
| 3.1.3 实验试剂配置及试剂盒 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 中国西门塔尔牛群体SNPs位点筛查 |
| 3.2.2 SNPs位点及单倍型与性状相关性分析 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 SDC3 基因启动子区SNPs的筛查 |
| 3.3.2 SDC3 基因启动子区SNPs在中国西门塔尔牛群体中的基因型和基因频率分析 |
| 3.3.3 SDC3 基因启动子区SNPs与中国西门塔尔牛性状关联分析 |
| 3.3.4 SDC3 基因启动子区SNPs的单倍型分析 |
| 3.3.5 单倍型组合与中国西门塔尔牛性状关联分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 导师简介 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（7）凡纳滨对虾重要经济性状的遗传评估及全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 引言 |
| 1.1 凡纳滨对虾产业发展现状 |
| 1.1.1 凡纳滨对虾简介 |
| 1.1.2 国外凡纳滨对虾产业发展现状 |
| 1.1.3 我国凡纳滨对虾产业发展现状 |
| 1.2 分子标记的研究进展 |
| 1.2.1 第一代分子标记 |
| 1.2.2 第二代分子标记 |
| 1.2.3 第三代分子标记 |
| 1.3 常规选育方法及研究进展 |
| 1.3.1 最佳线性无偏预测 |
| 1.3.2 分子标记辅助选择 |
| 1.4 全基因组关联分析及基因组选育 |
| 1.4.1 全基因组关联分析简介 |
| 1.4.2 全基因组关联分析方法 |
| 1.4.3 基因组选择方法 |
| 1.4.4 研究进展 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 第2章 基于微卫星标记评估凡纳滨对虾重要经济性状的遗传参数 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 毒饵制备 |
| 2.1.3 人工感染WSSV测试 |
| 2.1.4 基因组DNA的提取 |
| 2.1.5 PCR扩增及产物基因分型 |
| 2.1.6 基因型分型及系谱重构 |
| 2.1.7 分子亲缘相关度 |
| 2.1.8 遗传力 |
| 2.1.9 交叉验证 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 收获体长、体重和抗WSSV存活时间统计性描述 |
| 2.2.2 微卫星位点多态性分析 |
| 2.2.3 分子亲缘相关度比较 |
| 2.2.4 收获体长、体重和抗WSSV存活时间遗传力估计 |
| 2.2.5 交叉验证 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 基于重测序SNPs评估凡纳滨对虾重要经济性状的遗传参数 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 仔虾培育 |
| 3.1.3 生长测试 |
| 3.1.4 人工感染WSSV测试 |
| 3.1.5 基因分型 |
| 3.1.6 遗传力评估 |
| 3.1.7 遗传相关评估 |
| 3.1.8 预测准确性和偏差 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 表型性状的描述性统计 |
| 3.2.2 分子亲缘相关度分析 |
| 3.2.3 遗传力分析 |
| 3.2.4 遗传相关分析 |
| 3.2.5 预测准确性及偏差分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 基于重测序对凡纳滨对虾重要经济性状进行全基因组关联分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 仔虾培育 |
| 4.1.3 生长测试 |
| 4.1.4 人工感染WSSV测试 |
| 4.1.5 基因分型 |
| 4.1.6 连锁不平衡分析 |
| 4.1.7 群体结构分析 |
| 4.1.8 全基因组关联分析 |
| 4.1.9 SNP解释的表型变异 |
| 4.1.10 基因注释 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 测序个体表型数据统计 |
| 4.2.2 SNP检测及注释 |
| 4.2.3 群体结构及亲缘关系分析 |
| 4.2.4 连锁不平衡分析 |
| 4.2.5 生长性状全基因组关联分析 |
| 4.2.6 抗WSSV性状全基因组关联分析 |
| 4.2.7 多性状联合全基因组关联分析 |
| 4.2.8 基因注释 |
| 4.3 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）基于核酸链置换反应的核酸生物传感检测方法研究（论文提纲范文）
| 英汉缩略语名词对照 |
| 摘要 |
| abstract |
| 第一部分 绪论 |
| 1.链置换反应概述 |
| 2.链置换反应在生物传感器中的应用 |
| 3.链置换反应在SNPs检测的应用 |
| 4.链置换反应在PCR中的应用 |
| 5.本文研究思路和主要内容 |
| 参考文献 |
| 第二部分 耦合链置换核酸等温扩增技术和双信号荧光传感策略的高特异性荧光凝血酶生物传感器 |
| 1 引言 |
| 2 实验材料和方法 |
| 3 结果与讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 基于链置换循环反应和分子信标介导的等温链置换聚合反应放大测略检测miRNA的研究 |
| 1 引言 |
| 2 实验材料与方法 |
| 3 结果与讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 第四部分 链置换引物探针在多重实时荧光PCR中的应用 |
| 1 引言 |
| 2 实验材料与方法 |
| 3 结果与讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 第五部分 基于UDG介导PCR、链置换反应和多色磁性编码技术在G6PD基因分型中的应用研究 |
| 1 引言 |
| 2 实验材料与方法 |
| 3 结果与讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 文献综述 ctDNA的富集与检测 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间发表的论文 |
（9）基于免标记葡萄糖氧化酶的核酸选择性信号放大器的构建及其传感应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 核酸传感器 |
| 1.2.1 基于DNA的核酸传感器 |
| 1.2.2 基于适配体的核酸传感器 |
| 1.2.3 基于DNAzyme的核酸传感器 |
| 1.3 电化学核酸传感器 |
| 1.3.1 无标记型电化学核酸传感器 |
| 1.3.2 标记型电化学核酸传感器 |
| 1.4 信号放大技术 |
| 1.4.1 基于核酸的信号放大技术 |
| 1.4.2 基于纳米材料的信号放大技术 |
| 1.4.3 基于酶催化反应的信号放大技术 |
| 1.5 媒介电子转移型酶催化反应 |
| 1.5.1 由扩散媒介体提供电子转移 |
| 1.5.2 由扩散媒介体激活可溶性氧化还原酶 |
| 1.6 本工作的意义 |
| 第二章 免标记GOD对二茂铁修饰单链DNAs的选择性信号放大作用及其核酸传感应用 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验 |
| 2.2.1 试剂和材料 |
| 2.2.2 实验仪器 |
| 2.2.3 动力学研究 |
| 2.2.4 检测不同种类分析物的阳极测试液的制备 |
| 2.2.5 凝胶电泳实验 |
| 2.2.6 自供能核酸传感器的制备及性能测试 |
| 2.2.7 实际样品处理 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 免标记GOD对不同长度Fc-ss DNAs选择性信号放大作用的验证 |
| 2.3.2 量化评估免标记GOD对不同长度Fc-ss DNAs的选择性信号放大作用 |
| 2.3.3 分析免标记GOD对不同长度Fc-ss DNAs选择性信号放大作用产生的原因 |
| 2.3.4 探究免标记GOD对不同长度Fc-ss DNAs选择性信号放大作用的意义 |
| 2.3.5 免标记GOD对不同长度Fc-ss DNAs选择性信号放大作用的应用举例 |
| 2.3.5.1 传染性病毒核酸片段MERS-Co V c DNA的自供能检测 |
| 2.3.5.2 常见能量小分子ATP的自供能检测 |
| 2.3.5.3 重金属离子Hg~(2+)的自供能检测 |
| 2.4 结论 |
| 第三章 免标记GOD对二茂铁修饰不同长度双链DNAs的选择性信号放大作用及其核酸片段和小分子检测应用 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验 |
| 3.2.1 试剂和材料 |
| 3.2.2 实验仪器 |
| 3.2.3 动力学研究 |
| 3.2.4 检测不同种类目标物的阳极测试液的制备 |
| 3.2.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)表征 |
| 3.2.6 自供能核酸传感器的制备及性能测试 |
| 3.2.7 实际样品处理 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 免标记GOD对不同长度Fc-dsDNAs选择性信号放大作用的验证 |
| 3.3.2 量化评估免标记GOD对不同长度Fc-dsDNAs的选择性信号放大作用 |
| 3.3.3 分析免标记GOD对不同长度Fc-dsDNAs选择性信号放大作用产生的原因 |
| 3.3.4 探究免标记GOD对不同长度Fc-dsDNAs选择性信号放大作用的意义 |
| 3.3.5 免标记GOD对不同长度Fc-dsDNAs选择性信号放大作用的应用举例 |
| 3.3.5.1 黑色素瘤相关核酸片段BRAF基因片段的自供能检测 |
| 3.3.5.2 小分子ATP的自供能检测 |
| 3.4 结论 |
| 第四章 免标记GOD对二茂铁修饰不同结构DNAs的选择性信号放大作用及其单核苷酸多态性检测应用 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验 |
| 4.2.1 试剂和材料 |
| 4.2.2 实验仪器 |
| 4.2.3 动力学研究 |
| 4.2.4 基于不同核酸反应策略的阳极测试液的制备 |
| 4.2.5 凝胶电泳表征 |
| 4.2.6 自供能核酸传感器的制备及性能测试 |
| 4.2.7 实际样品处理 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 免标记GOD对不同结构Fc-DNAs选择性信号放大作用的验证 |
| 4.3.2 量化评估免标记GOD对不同结构Fc-DNAs的选择性信号放大作用 |
| 4.3.3 分析免标记GOD对不同结构Fc-DNAs选择性信号放大作用产生的原因 |
| 4.3.4 探究免标记GOD对不同结构Fc-DNAs选择性信号放大作用的意义 |
| 4.3.5 免标记GOD对不同结构Fc-DNAs选择性信号放大作用的应用举例 |
| 4.3.5.1 GOD-直接杂交体系 |
| 4.3.5.2 GOD-SDR体系 |
| 4.4 结论 |
| 第五章 免标记GOD对二茂铁修饰不同单碱基错配等位基因双链DNAs的选择性信号放大作用及其基因分型潜在应用 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 实验 |
| 5.2.1 试剂和材料 |
| 5.2.2 实验仪器 |
| 5.2.3 动力学研究 |
| 5.2.4 阳极测试液的制备 |
| 5.2.5 自供能核酸传感器的制备及性能测试 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 免标记GOD对不同单碱基错配等位基因Fc-dsDNAs选择性信号放大作用的验证 |
| 5.3.2 量化评估免标记GOD对不同单碱基错配等位基因Fc-dsDNAs的选择性信号放大作用 |
| 5.3.3 分析免标记GOD对不同单碱基错配等位基因 Fc-dsDNAs选择性信号放大作用产生的原因 |
| 5.3.4 探究免标记GOD对不同单碱基错配等位基因Fc-dsDNAs选择性信号放大作用的意义 |
| 5.3.5 免标记GOD对不同单碱基错配等位基因Fc-dsDNAs的选择性信号放大作用在自供能基因分型中的潜在应用 |
| 5.4 结论 |
| 第六章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间公开发表论文情况 |
（10）新型纳米发光体结合目标物转换策略构建高效电化学发光生物传感器（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 电化学发光生物传感器 |
| 1.2 新型纳米发光体研究进展 |
| 1.3 目标物转换策略及其分析应用 |
| 1.4 本文研究思路及工作内容 |
| 第2章 银-鲁米诺衍生物修饰的V_2O_5纳米球作为信号探针结合无酶催化发夹自组装策略构建电化学发光适体传感器 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验部分 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.4 结论 |
| 第3章 高效自增强金纳米簇发光体结合多位点锚定DNA步行器构建超灵敏电化学发光适体传感器 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验部分 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.4 结论 |
| 第4章 三维基质排列的金银合金纳米簇发光体结合点击化学驱动的信号开关构建电化学发光生物传感器 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验部分 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.4 结论 |
| 第5章 苝修饰的银微米花发光体结合高效DNA放大器构建电化学发光DNA生物传感器 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验部分 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.4 结论 |
| 第6章 蒽-葫芦脲超分子纳米发光体结合界面限域型DNA步行器构建电化学发光DNA生物传感器 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 实验部分 |
| 6.3 结果与讨论 |
| 6.4 结论 |
| 第7章 全文总结与展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间公开发表和待发表的学术论文 |
| 致谢 |
四、新型的分子标记——SNPs（论文参考文献）
- [1]GWAS、CNV及ROH挖掘宁夏地区荷斯坦奶牛重要性状候选基因的研究[D]. 刘丽元. 宁夏大学, 2021(02)
- [2]大豆对孢囊线虫Heterodera glycines的分子遗传抗性机制研究[D]. 黄铭慧. 中国科学院大学(中国科学院东北地理与农业生态研究所), 2021
- [3]绵羊捻转血矛线虫耐药性调查及耐IVM候选基因的筛选与分析[D]. 罗晓平. 内蒙古农业大学, 2021
- [4]AIO-seq高通量测序技术开发及玉米NAM群体遗传特性和株型性状QTL定位研究[D]. 赵胜. 中国农业科学院, 2021
- [5]协优9308重组自交系群体白叶枯病抗性的全基因组关联分析[D]. 赵海涵. 中国农业科学院, 2021(09)
- [6]SDC3基因对牛脂肪代谢的调控作用及其启动子区在中国西门塔尔牛单核苷酸多态性分析[D]. 白紫彤. 吉林大学, 2021
- [7]凡纳滨对虾重要经济性状的遗传评估及全基因组关联分析[D]. 孙坤. 上海海洋大学, 2021(01)
- [8]基于核酸链置换反应的核酸生物传感检测方法研究[D]. 张章. 重庆医科大学, 2021(01)
- [9]基于免标记葡萄糖氧化酶的核酸选择性信号放大器的构建及其传感应用[D]. 刘晶菊. 东北师范大学, 2021(09)
- [10]新型纳米发光体结合目标物转换策略构建高效电化学发光生物传感器[D]. 杨芳. 西南大学, 2021(01)